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在對微生物肥料的知道方面，近幾年形成了較大誤區，農人沒有真實知道生物有機肥，也就不能合理使用生物有機肥，然后降低了微生物肥料的名譽。
肥發酵包括好氧堆肥發酵和厭氧堆肥發酵，厭氧堆肥發酵是在無氧條件下，借厭氧微生物的作用來進行的；好氧堆肥是在通氣條件下，借好氧微生物使有機物得以降解
量糞便未經有效處理便直接排放到環境等。這些弊端造成了對大氣、水體、土壤等環境資源的多方面污染。因此，開發畜禽糞便的集約化處理和再利用方法和技術，對于我國農村環保和環境建設、對于增加農業企業收入具有重要意義
