在冷藏集裝箱制冷裝置運行過程中，蒸發器盤管上會形成冰層，這取決于設定溫度、貨物溫度、通風裝置的新風量和貨物濕度。制冷裝置會定期進入除霜狀態，一系列電加熱裝置會產生熱量或向蒸發器盤管內吹入熱空氣。此時所有風扇將停止旋轉，以防止熱空氣進入貨艙。但是，由于回風溫度傳感器位于制冷機組附近，因此可能會記錄溫度升高。因此，除非經過數據記錄軟件處理，否則溫度記錄會顯示與除霜間隔一致的周期性溫升。如果除霜時間很短，每小時的溫度讀數和除霜時間可能會有一些差異。

冷藏集裝箱應當注意，溫度讀數的增加不會立即影響貨物的實際溫度，也不意味著制冷設備處于不穩定狀態。除了溫度，電子數據記錄通常還會顯示除霜間隔和持續時間。如果裝載溫度超過設定溫度，制冷裝置將開始自動將貨物的溫度降低到所需的溫度水平。如果貨物已經解凍，冷藏集裝箱的冰箱會試圖降低貨物的溫度，但會繼續頻繁解凍。
除了冷藏集裝箱貨物的設定值以及送風和回風的溫度之外，溫度控制系統還以錯誤代碼的形式提供有關系統問題的詳細信息。美國農業部檢測器可以記錄貨物的溫度，該檢測器的安裝符合美國農業部水果運輸的冷藏處理程序。托運人放置在貨物中的數據記錄器也將記錄一般溫度。當制冷裝置出現故障時，溫度顯示和數據記錄會顯示一個逐漸穩定升溫直至達到環境溫度值的過程。同樣，傳感器只記錄空氣溫度，不記錄貨物溫度。貨物將受到周圍隔熱材料的保護，以防止它們受到外部空氣溫度的影響。

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機械冷藏集裝箱
機械冷藏集裝箱是指配備制冷裝置（如壓縮制冷機組、吸收式制冷機組等）的冷藏集裝箱。機械冷藏集裝箱是成熟、應用廣泛的冷藏集裝箱。與其他冷藏集裝箱相比，它具有以下優點：
① 溫度調節范圍廣，可從常溫調節到30℃左右。通用性強，可運輸不同溫度要求的貨物；
② 方便的自動控制；
③ 箱內溫度分布均勻：
④ 它適合長途運輸，這是其相對于其他形式冷藏集裝箱的優勢。
機械冷藏集裝箱也有一些缺點：設備復雜，初始投資大，維護成本高；容器內的溫度梯度應大于液氮冷藏容器的溫度梯度；箱子需要配備風扇和風道系統，這將增加箱內貨物的干耗和脫水。

冷藏集裝箱采用鍍鋅鋼結構，箱內壁、底板、頂板和門由金屬復合板、鋁板、不銹鋼板或聚酯制造。
國際上集裝箱尺寸和性能都已標準化。
使用溫度范圍為-30℃～12℃，更通用的范圍是-30～20℃
特點：冷藏集裝箱具有裝卸靈活、貨物運輸溫度穩定，貨物污染、損失低，適用于多種運載工具，裝卸速度快，運輸時間短，運輸費用低。
按照運輸方式冷藏集裝箱可分為海運和陸運兩種。