由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發)的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發展來達到要求。但是貨架越高，機械設備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內優的物流路線是直線形的，但在倉庫設計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

不管自動化立體倉庫的自動化程度有多高，具體運作時仍需要一定的人工勞動，因此工作人員的數量要合適。人員不足會降低倉庫的效率，太多又會造成浪費。自動化立體倉庫采用了大量的設備，因此對人員的素質要求比較高，人員素質跟不上，同樣會降低倉庫的吞吐能力。第三方物流企業需要招聘的人才，并對其進行的培訓。

自動化立體倉庫的上游、下游及其內部各子系統的協調，有一個木桶效應的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產品，各種設施設備也非常，但是由于各子系統間協調性、兼容性不好，造成整體運作能力比預期差很多。

組成部分
1、貨架:用于存儲貨物的鋼結構。主要有焊接式貨架和組合式貨架兩種基本形式。
2、托盤（貨箱）：用于承載貨物的器具，亦稱工位器具。
3、巷道堆垛機:用于自動存取貨物的設備。按結構形式分為單立柱和雙立柱兩種基本形式；按服務方式分為直道、彎道和轉移車三種基本形式。
4、輸送機系統:立體庫的主要外圍設備，負責將貨物運送到堆垛機或從堆垛機將貨物移走。輸送機種類非常多，常見的有輥道輸送機，鏈條輸送機，升降臺，分配車，提升機，皮帶機等。
5、AGV系統:即自動導向小車。根據其導向方式分為感應式導向小車和激光導向小車。
6、自動控制系統:驅動自動化立體庫系統各設備的自動控制系統。以采用現場總線方式為控制模式為主。
7、儲存信息管理系統:亦稱中央計算機管理系統。是全自動化立體庫系統的核心。典型的自動化立體庫系統均采用大型的數據庫系統（如ORACLE，SYBASE等）構筑典型的客戶機/服務器體系，可以與其他系統（如ERP系統等）聯網或集成。

節約倉庫占地面積，使倉庫的空間實現了充分的利用。由于自動化立體倉庫采用大型倉儲貨架的拼裝，又加上自動化管理技術使得貨物便于查找，因此建設自動化立體倉庫就比傳統倉庫的占地面積小，但是空間利用率大。在發達國家，提高空間的利用率已經作為系統合理性和性的重要考核指標。在提倡節能環保的今天，自動化立體倉庫在節約占地資源上有著很好的效果，也是必將使未來倉儲發展的一大趨勢。
自動化立體倉庫可以形成的生產鏈，促進了生產力的進步。人士指出，由于自動化立體倉庫的存取，因此可以有效地連接倉庫外地生產環節，可以在存儲中形成自動化的物流系統，從而形成有計劃有編排的生產鏈，使生產能力得到了大幅度的提升。