由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發)的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發展來達到要求。但是貨架越高，機械設備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內優的物流路線是直線形的，但在倉庫設計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

不管自動化立體倉庫的自動化程度有多高，具體運作時仍需要一定的人工勞動，因此工作人員的數量要合適。人員不足會降低倉庫的效率，太多又會造成浪費。自動化立體倉庫采用了大量的設備，因此對人員的素質要求比較高，人員素質跟不上，同樣會降低倉庫的吞吐能力。第三方物流企業需要招聘的人才，并對其進行的培訓。

技術，采用現場控制總線直接通訊的方式，真正做到計算機只監不控，所有的決策、作業調度和現場信息等均由堆垛機、出入庫輸送機等現場設備通過相互間的通訊來協調完成。
● 每個貨位的托盤號分別記錄在堆垛機和計算機的數據庫里，管理員可利用對比功能來比較計算機的記錄和堆垛機里的記錄，并進行修改，修改可自動完成和手動完成。
● 系統軟、硬件功能，用戶界面清晰，便于操作維護。
● 堆垛機有自動召回原點的功能，即無論任何情況，只要貨叉居中且水平運行正常時，可按照下達的命令自動返回原點。這意味著操作人員和維護人員可以盡量不進入巷道。
●智能的控制系統，可以實現真正的自動盤庫功能，避免了以往繁重的人工盤庫工作，減輕了倉庫管理人員的工作強度，同時了出庫作業的出錯率為零。

傳統倉庫只是貨物儲存的場所，保存貨物是其的功能，是一種“靜態儲存”。自動化立體倉庫采用的自動化物料搬運設備，不僅能使貨物在倉庫內按需要自動存取，而且可以與倉庫以外的生產環節進行有機的連接，并通過計算機管理系統和自動化物料搬運設備使倉庫成為企業生產物流中的一個重要環節。企業外購件和自制生產件進入自動化倉庫儲存是整個生產的一個環節，短時儲存是為了在的時間自動輸出到下一道工序進行生產，從而形成一個自動化的物流系統，這是一種“動態儲存”，也是當今自動化倉庫發展的一個明顯的技術趨勢。

合理布置自動化立體倉庫的總體布局及物流圖
一般來說，自動化立體倉庫包括：入庫暫存區、檢驗區、碼垛區、儲存區、出庫暫存區、托盤暫存區、不合格品暫存區及雜物區等。規劃時，立體倉庫內不一定要把上述的每一個區都規劃進去，可根據用戶的工藝特點及要求來合理劃分各區域和增減區域。同時，還要合理考慮物料的流程，使物料的流動暢通無阻，這將直接影響到自動化立體倉庫的能力和效率。
自動化管理提高了倉庫的管理水平。自動化立體倉庫采用計算機對貨品信息進行準確無誤的信息管理，減少了在存儲貨物中可能會出現的差錯，提高了工作效率。同時，立體自動化倉庫在入庫出庫的貨品運送中實現機動化，搬運工作安全可靠，減少了貨品的破損率，還能通過特殊設計使一些對環境有特殊要求的貨品能有很好的保存環境，比如有毒、易爆的貨品，也減少了人在搬運貨品時可能會受到的傷害。