冷藏集裝箱在制冷過程中經常會出現一些故障，導致這些故障的原因很多。常見的幾種故障及判定方法如下：　　　
　　1、打開電源開關，如果制冷系統不工作，先應檢查電源轉換開關是否在你選擇的電壓上，電源插座是否插好，保險絲是否損壞；
　　2、打開電源開關，制冷機各系統工作，但是不制冷。這種情況下一般是沒有制冷劑了；
　　3、開機后，制冷機工作幾分鐘自動停機，幾分鐘之后又自動開機，這種情況下多是缺少制冷劑。如果開機后20分鐘以后，通過制冷劑顯示鏡可見氣泡，即屬于缺少制冷劑。如果，夏天出現自動停機情況，若不是缺少制冷劑，那么是冷凝器灰塵太多，或者是由于制冷劑過多造成的。
　　4、制冷機正在工作，電腦不能儲存實際溫度，一般是制冷機的溫度感應器或電腦系統壞了。
　　5、冷凍集裝箱各系統工作正常，制冷狀況也正常，但是，反映在溫度記錄紙表盤上的溫度波動范圍太大。原因可能是：通氣口沒關閉、冷藏集裝箱門沒有關嚴、或者是冷藏集裝箱局部破損，導致箱內冷氣泄漏。
　　6、一般來說，冷藏箱的融霜周期是在制冷前設定的，在制冷過程中融霜的規律性很強。如果在執行融霜的時候出現持續融霜時間過長，則表明融霜控制開關壞了。如果融霜在制冷機工作期間終止，則表明加熱器壞了。
　　7、冷藏集裝箱正運行的時候，如果發現設定的溫度與人工在箱內實測溫度相同，而冷藏箱溫度記錄表盤顯示的溫度與前者相差過大，這表明溫度感溫探頭壞了。

為了避免冷藏集裝箱內壁面產生凝結水，可采取如下措施：
1． 如果箱內濕度正常，則應設法提高隔熱壁的內部熱阻（減小K值），或設法減小內表面的對流熱阻，以提高內壁面的溫度t2，例如增加箱內空氣流速。
2． 如果箱內空氣濕度很大時，采用上述方法是無效的。這時，應該在內壁面增加防水層，以免水分滲入隔熱壁內部。
至于隔熱壁內部結露，主要是由于箱內外水蒸氣的壓力差和隔熱壁的滲透性造成的。由于隔熱壁兩側空氣溫度的不同，即使兩側空氣的濕度相等，溫度高的一側空氣的水蒸氣分壓力也比溫度低的一側大。這樣會產生水蒸氣分壓力差，此時水蒸氣將從水蒸氣分壓力高的一側通過隔熱壁向分壓力較低的一側滲透。

用于冷藏集裝箱的制冷機組具有以下特點。
1、制冷量一般為3000～5000w。
2、壓縮機為半封閉或全封閉單級活塞式。
3、冷凝器為風冷式或水冷式。
4、由電力驅動，可適應200V、400V電壓及50Hz、60Hz循環電源。
5、蒸發器為風冷式，其風扇可逐步變速。
應使用非氟氯化碳制冷劑，如R22、R134a或R404A。對于使用R12作為制冷劑的現有裝置，考慮更換。
7、布局應盡可能緊湊，以盡可能少地占用箱內空間，在給定橫截面的條件下，應盡可能減少單元的厚度。