一種具有代表性的SBR工藝流程是： 通過格柵預處理的廢水，進入集水井，由潛污泵提升進入SBR反應池，采用水流曝氣機充氧，處理后的水由排水管排出，剩余污泥靜壓后，由SBR 池排入污泥井，污泥作為肥料。
分批式操作： 時間分割的操作方式替代空間分割的操作方式，如SBR運行周期由進水時間、反應時間、沉淀時間、潷水時間、排泥時間和閑置時間，可以適當靈活調節。

根據醫院性質、規模和技術經濟條件選擇消毒劑的種類。一般大中型醫院推薦使用液氯消毒工藝。在人口稠密的地方可采用次氯酸鈉消毒工藝。有條件的傳染病醫院可采用臭氧消毒工藝、小型醫院可采用氯片消毒工藝。四、放射性廢水、重金屬廢水及其他特殊廢水應分別采取相應的處理工藝，如放射性廢水采舊衰變貯存池處理，重金屬廢水可采用化學法或離子交換法處理。

MBR的優點： 抗沖擊負荷能力強，出水水質穩定，可以完全去除SS，對細菌和病毒也有很好的截留效果 反應器水力停留時間(HRT)污泥齡(SRT)的完全分離，使運行控更加靈活穩定；生物反應器內微生物量濃度高，可高達10g/L以上，處理裝置容積負荷高，占地面積小，減小了硝化所需體積 MBR剩余污泥產量低，甚至無剩余污泥排放，降低了污泥處理費用 利于增殖緩慢的微生物的截留和生長，系統硝化效率提高。可延長一些難降解有機物在系統中的水力停留時間，有利于難降解有機物降解效率的提高。
醫院污水處理流程選擇是醫院污水處理設計的關鍵，流程是否合理將直接影響處理效果、工程投資、運行費用以及管理安全等問題。根據醫院污水排出口的標高和所接入的城市下水道的標高之差，確定是采用自排式還是提升式的消毒工藝。高差大于600mm即可以采用虹吸定比自排式消毒工藝，高差較小時可采用超聲波自動定比投氯消毒工藝或提升式定比投氯消毒工藝。
醫院廢水處理設備采用國際的生物處理工藝，在總結國內外生活廢水處理裝置的運行經驗的基礎上，結合自己的科研成果和工程實踐，設計出一種可地埋設置的成套有機廢水處理裝置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技術性能穩定可靠、處理效果好、投資省、自動化運行、維護操作方便、不占地表面積、不需蓋房、不需采暖保溫等優點。地面之上可種花種草，不影響周圍環境。
新標準對醫院產生的污水、廢氣和污泥進行了全面控制，在強調對含病原體污水的消毒效果的同時，兼顧生態環境安全。在生物指標上，新標準對排入下水道與排入水體的醫院污水提出不同要求。新標準嚴格區分醫院性質，同時根據污水去向分為兩個等級，并在原有標準基礎上提出嚴格的控制各級指標。新標準考慮了消毒效果和生態安全性問題，針對不同性質醫院及污水去向對消毒時間和余氯量均作了明確規定，嚴格了余氯標準的上限。在理化指標方面，對排入地表水體的醫院污水和傳染病醫院污水的COD、BOD5、SS、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標都在原有標準基礎上進行了嚴格的控制，以增強污水處理系統的抗風險性。考慮氨氮也消耗消毒劑，對氨氮也提出了嚴格的要求。