即所有轉化過程將不可避免地導致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當，也會造成污染，治理污染的成本終會增加到成品油的價格中。

打破生物燃料現狀的途徑作為一種新興的能源生物燃料，現階段完全取代航空煤油是不現實的。歸根結底，使用哪種燃料取決于成本。因此，在技術不斷突破的前提下，如何建立完善的產業，大規模降低成本，是生物燃料發展的關鍵。

目前，生物燃料大的問題是原材料的供應。在今年全球糧食危機的背景下，廚房廢油和木本油料作物已成為重要的原材料來源。木本油料作物應盡量不占用耕地和居民點用地，應采用能適應惡劣環境的作物為原料，如耐旱、耐鹽堿等環境的生物質。完善廚余油回收系統，建立廚余垃圾收集、運輸、管理一體化的運營模式。

例如，為了監督廢油的去向，促進廢油的回收和利用，英國已迫使餐館安裝烹飪廢油回收系統；荷蘭廢油回收由資助，降低了生物航空燃料精煉企業的高回收成本；在日本，廢油由回收公司回收，并由購買。如果生物燃料要完全取代石油產品，不僅需要解決成本問題，還需要建立一個完整的生物燃料供應鏈。

2012年航空公司的累計碳排放量不得超過基線的97%，2013年不得超過基線的95%。在排放制度實施初期，航空公司可以免費獲得一定比例的免費排放配額，但免費配額逐年減少，非免費配額需要通過有償拍賣獲得。

20世紀70年代，美國能源部為了發展可持續能源，對微藻進行了大規模的收集、篩選和鑒定，終獲得了300多種產油微藻，即脂類占細胞干重20%以上的微藻。其中，小球藻微球菌的脂比高達68%。據估計，藻類的年產油量可達到每公頃養殖面積15000至80000升。