由于動物體內存在大量的蛋白酶和肽酶，過去人們一直認為，動植物蛋白質降解成小肽后，再降解為游離氨基酸才能被動物吸收利用，所以人們一直把氨基酸作為研究、制作、追求、服食的主要營養。在20世紀60年代，科學家才提出令人信服的證據證明小肽可以被完整吸收和利用。由于這個重大的發現，人們才逐步接受了肽可以被動物直接吸收利用的觀點。小肽和氨基酸的混合物在人體的吸收率和吸收速度都比單純氨基酸佳，不僅如此，小肽還能在腸道內保護易被破壞的氨基酸。此外，單純的氨基酸在體內根據需要新組成肽和蛋白質，而小肽和氨基酸的混合物可省去一部分重新組合的過程，因此，它的生物效價更高。
提高水產動物消化酶活力，促進消化吸收
水產動物消化道分化簡單，且消化道較短，酶數量亦較少，腸壁轉運氨基酸的載體數量不足，供能狀態和消化功能較差。飼料中添加小肽制品可提高消化酶的活力，從而促進營養物質的消化吸收。
改善飼料風味，促進水產動物攝食
飼料風味和適口性直接影響魚類的采食量，進而影響其行為和生長性能。有些小肽(調味肽)通過模擬、掩蔽，增強風味從而提高飼料的適口性。具有不同氨基酸序列的小肽可以產生多種風味，如：Gly-Leu、Pro-Glu等具有增強風味的作用;阿斯巴甜(Aspartarne)可以作為甜味劑用于增強飼料的甜度。此外，有些小肽可刺激神經、誘發食欲，如阿片肽、酪啡肽;還有些小肽可通過調節內源性激素的分泌來調控采食。
