生物燃料的發展瓶頸盡管生物燃料已在世界各個領域得到應用，但目前還沒有成為國際能源的主力軍。主要原因是以下限制。原材料來源不穩定。由于多種原因，廚房廢油和木本油料作物作為原料來源不穩定。

然而，目前微藻生物柴油的生產成本仍然很高，這是制約其商業化生產的瓶頸。除了繼續開發具有優良產油性能的藻類外，還實現微藻生產的綜合利用。例如，從微藻中獲得高附加值產品，如DHA、類胡蘿卜素和活性多糖，并將廢棄海藻殘渣用作水產養殖的誘餌。

因為它是一種植物油燃料，不含甲醇，所以對甲醇。此外，植物油燃料是一種安全性很好的液體燃料。植物油燃料可通過管道運輸或儲存在普通塑料桶中，不會發生爆炸。使用時，植物油燃料燃燒無殘渣、黑煙和積碳。