生物燃料的發展瓶頸盡管生物燃料已在世界各個領域得到應用，但目前還沒有成為國際能源的主力軍。主要原因是以下限制。原材料來源不穩定。由于多種原因，廚房廢油和木本油料作物作為原料來源不穩定。

全球每年產生大量廚房廢油，但由于來源分散，回收難度加大。據統計，原材料收集成本占生物燃料成本的70%-80%。然而，木本油料植物受季節影響，難以維持可持續供應。糧食原料存在著“人爭糧”、“人爭地”的問題。現有油料作物不符合生長周期短、含油量高的特點。

打破生物燃料現狀的途徑作為一種新興的能源生物燃料，現階段完全取代航空煤油是不現實的。歸根結底，使用哪種燃料取決于成本。因此，在技術不斷突破的前提下，如何建立完善的產業，大規模降低成本，是生物燃料發展的關鍵。

歐美國家對亞麻薺菜的種植和應用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產油率高（30%–45%），化肥、農藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產業鏈都扭虧為盈。

此外，可以制定政策，引導消費者積極參與生物燃料的使用。歐盟航空公司開發了碳排放交易系統，并為航空公司規定了碳排放配額。在該系統中，以2004年至2006年往返歐盟的航空公司的年平均碳排放量作為該航空公司的排放基線。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質能，積累大量脂類，并能生產生物燃料。某些產油微藻的脂肪酸總量可達干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質，可在制備生物燃料的同時進行值的綜合利用，相對降低微藻采油成本。