荔枝根系因苗木繁殖方法不同而異。實生樹及嫁接樹有發達的主根；高壓（圈枝）繁殖的荔枝側根須根發達，沒有主根。荔枝的根系由很多粗壯發達的側根和纖細茂密的細根所組成，初生的幼根白色，肉質，質脆易斷，俗稱“豆芽根”。
由結果母枝抽出的能開花結果的枝條稱結果枝。荔枝的花芽是混合芽。當花穗發育過程遇高溫時，抽出帶葉花序的結果枝；當花穗發育過程遇低溫時，抽出不帶葉的純花序，結果枝不明顯，變成花序的主軸。
荔枝為聚傘花序，圓錐狀排列。花穗由主穗、側穗、支穗及花組構成。主穗基部（龍頭椏）及葉腋處還抽生若干腋側穗。
