合歡樹的種子處理于第二年3-4月間，將種子作處理后方可播種。由于合歡種皮堅硬，為使種子發芽整齊，出土迅速，播前2周需用0.5%的高錳酸鉀冷水溶液浸泡2h，撈出后用清水沖洗干凈置于80℃左右的熱水中浸種30s（長不能超過1min，否則影響發芽率），24h后即可進行播種。利用這種方法催芽發芽率可達80%-90%，且出苗后生長健壯不易發病。

合歡樹的育苗方法有營養缽育苗和圃地育苗。
營養缽育苗，常用的營養土有2種：一種是焦泥灰60%-70%、園土20%-30%、垃圾或欄肥9.5%、鈣鎂磷肥0.5%，混拌均勻；另一種是肥沃表土90%、草木灰7%、骨粉1%、腐熟畜肥2%，搗碎拌勻。每杯播種2-3粒經過催芽處理的種子，播種后上面蓋些泥灰或細土25px，有條件的再撒上一些松針。把已播種的營養杯排成寬25px、長度不定的畦，畦四周培土與杯等高，以保持水分，約排18萬只/hm2左右,播后1周即發芽出苗。

合歡樹枯萎病是一種系統性傳染病，對合歡樹來說是嚴重的病害。該病發生幾率較大，幼苗及成品樹都受到影響。其中，3-5年生樹易患枯萎病且發病速度快。另外，一些生命力弱的植株受此病影響，容易死亡。合歡枯萎病受氣候條件、土質和地勢、栽培環境及栽植管理的影響。高濕、多雨季節發病嚴重；土質粘重、地勢低洼、排水不良，積水地易發病；移栽或修剪等管理過程中造成的傷口，會增加鐮刀菌侵染機會。

合歡樹幼苗染枯萎病后，先是葉片變黃，然后根莖基部變軟，常出現倒伏，后全株枯死。成株染病的話，先是1-2根枝條出現癥狀，病枝上的葉片萎蔫下垂，葉色呈淡綠色或淡黃色，后期干枯脫落，隨后部分枝條開始干枯，逐步擴展到整株，至死亡。截開主干斷面，可見一整圈變色環，樹根部斷面呈褐色或黑褐色。
防治辦法是選擇抗病性強的品種，如淺色花的馳聞、深紅色花的夏洛特等，在種植形式上，好采取單株或幾株點綴種植于綠化帶、花園、庭院，不宜大面積或在街道上做行道樹，因為街道土壤堅實，排水不良。
合歡樹在移栽時，可用10%硫酸銅溶液蘸根處理，也可同時噴施生根粉等生長調節劑，以促進根系萌發生長。對于已截過的枝干斷面，涂抹保護劑，通過綁草加以保護，防治病菌侵入。栽后加強管理，立即灌透水，促進傷口及時愈合，在日常澆水、施肥等管理過程中盡量減少創傷口。旱時澆水，雨后排澇，定期施肥，增強植株長勢，提高抗病能力。
減少菌原感染，合歡樹盡量不在草坪中栽植，因草坪攜帶菌原對合歡會造成交叉感染；對栽入草坪中的合歡樹，要清除樹四周的草坪及雜草。在移栽前，盡量提前挖坑，高溫晾曬，用40%五氯硝基苯處理栽植坑土，尤其是對枯萎病高發區，進行土壤滅菌處理。
合歡樹要進行藥劑處理，對癥狀輕微的病株，在更換土壤的同時結合藥劑處理進行控制。可采用70%甲基托布津可濕性粉、60%多·福可濕性粉100倍液噴灑樹干或涂抹；或使用14.5%多效靈水溶性粉劑、40%五氯硝基苯粉劑300倍液，以及抗枯寧、甲基托布津、多菌靈等農藥常規濃度澆灌土壤，每8天左右灌1次，連續3-4次可有效遏制病情擴展，并使植株逐步恢復；而使用70%基托布津可濕性粉劑300倍液，通過輸液的方式輸入植株內，可提高療效。在采取以上措施的同時，對樹穴及周圍相鄰土壤澆灌40%福美胂50倍液、40%五氯硝基苯粉劑300倍液，進行消毒，防止病菌蔓延。