福建柏垂直分布于海拔580-1500米，但在1000-1300米的常綠闊葉林中較常見。陽性樹種，適生于酸性或強酸性黃壤、紅黃壤和紫色土，花期3月中旬至4月，第二年10月球果成熟。
福建柏多散生于中亞熱帶至南亞熱帶的針闊混交林中，在個別地方偶有小片純林。為淺根性陽性樹種，主根不明顯，側根發達。幼年能耐一定的庇蔭，在林冠下能天然更新，長成小樹后，需光量逐漸增加。在生境、水肥充足、土層深厚、排水良好的立地條件，生長迅速，在年平均氣溫11.5-16.5℃的溫暖、溫和、溫涼地區均有分布，喜生于雨量充沛、空氣濕潤的地方。對低溫具有一定的耐寒能力，低溫不超過-12℃。正常結實在20年前后。造林地宜選山坡中部以下緩坡及山洼等土層較厚的地方

福建柏可用種子繁殖，每畝播種量約4公升。一年生苗高可達30-40厘米，出苗后可適當遮蔭。夏季可用清糞水拌和少量疏酸亞鐵澆于幼苗根部，防止發生立枯病。小苗留床1年待二年生再出圃。造林以冬季成活率較高。
播種繁殖時在"驚蟄”前3-5日。播種前種子用0.1%高錳酸鉀液消毒20分鐘，然后用清水洗凈，陰干，用鈣鎂磷肥拌種。苗期常有立枯病危害，枝干和根系常有白蟻危害，應注意防治。2-3月播種。出土后要遮蔭。造林地以山坡中部以下緩坡及山洼等土層較厚的為宜。每公頃可栽植3000-3600株。

福建柏對立地條件要求較嚴，應選擇山地造林為好。塊狀整地，挖穴回表土，穴規格為 40×30×20厘米 ，株行距以 1.7×1.3米 （ 300 株/畝）或2×1.7米 （ 200 株/畝）為宜。穴內要清除草根、石塊等雜物。選用1-2 年生健壯實生苗造林。以晚冬早春為宜。在風大干旱地栽植時應注意苗梢不“反山”（即鱗葉的正面朝下坡，有白粉氣孔線的背面向上坡）, 須根舒展，適當深栽，適當密植。
福建柏較為耐蔭，它與杉木、柳杉、馬尾松、樟樹、擦樹、火力楠、閩楠等樹種混交造林，都表現出生長穩定、相互促進的良好效果。造林當年苗大小，易被雜草覆蓋，栽植3個月后應及時除草擴穴一次。在秋季雜草種子成熟前（9-10月）再除草松土一次。以后每年撫育1-2 次，連續撫育3年，至幼林郁閉為比。
撫育間伐：10-14年開始次間伐，17-20 年進行第止次間伐，間伐時結合進行人工整枝，去掉樹冠中下部枯死的枝條。