合歡樹的病害防治，夏、秋間有豆毛蟲為害羽葉。
合歡常見病害主要有潰瘍病和枯萎病。可于發病初期用50%退菌特800倍液，或50%多菌靈500-800倍液，或70%甲基托布津600-800倍液進行噴灑，7-10d噴1次，連續用藥2次。
蟲害主要有天牛、粉蚧、翅蛾等。可用80%敵敵畏乳油750g/hm2+煤油15kg/hm2，注入蟲孔殺滅天牛。用40%氧化樂果乳油1000-1500倍液，或50%辛硫磷乳油1000倍液，分別于粉蚧、翅蛾的幼蟲發生初期連續噴藥2次，間隔5-7d，還可用菊酯類農藥進行交替使用。如噴藥后4h內遇雨需補噴。

合歡樹枯萎病是一種系統性傳染病，對合歡樹來說是嚴重的病害。該病發生幾率較大，幼苗及成品樹都受到影響。其中，3-5年生樹易患枯萎病且發病速度快。另外，一些生命力弱的植株受此病影響，容易死亡。合歡枯萎病受氣候條件、土質和地勢、栽培環境及栽植管理的影響。高濕、多雨季節發病嚴重；土質粘重、地勢低洼、排水不良，積水地易發病；移栽或修剪等管理過程中造成的傷口，會增加鐮刀菌侵染機會。

合歡樹在移栽時，可用10%硫酸銅溶液蘸根處理，也可同時噴施生根粉等生長調節劑，以促進根系萌發生長。對于已截過的枝干斷面，涂抹保護劑，通過綁草加以保護，防治病菌侵入。栽后加強管理，立即灌透水，促進傷口及時愈合，在日常澆水、施肥等管理過程中盡量減少創傷口。旱時澆水，雨后排澇，定期施肥，增強植株長勢，提高抗病能力。
減少菌原感染，合歡樹盡量不在草坪中栽植，因草坪攜帶菌原對合歡會造成交叉感染；對栽入草坪中的合歡樹，要清除樹四周的草坪及雜草。在移栽前，盡量提前挖坑，高溫晾曬，用40%五氯硝基苯處理栽植坑土，尤其是對枯萎病高發區，進行土壤滅菌處理。

合歡樹要進行藥劑處理，對癥狀輕微的病株，在更換土壤的同時結合藥劑處理進行控制。可采用70%甲基托布津可濕性粉、60%多·福可濕性粉100倍液噴灑樹干或涂抹；或使用14.5%多效靈水溶性粉劑、40%五氯硝基苯粉劑300倍液，以及抗枯寧、甲基托布津、多菌靈等農藥常規濃度澆灌土壤，每8天左右灌1次，連續3-4次可有效遏制病情擴展，并使植株逐步恢復；而使用70%基托布津可濕性粉劑300倍液，通過輸液的方式輸入植株內，可提高療效。在采取以上措施的同時，對樹穴及周圍相鄰土壤澆灌40%福美胂50倍液、40%五氯硝基苯粉劑300倍液，進行消毒，防止病菌蔓延。
合歡移栽：栽前對根部進行殺菌消毒。以移栽小苗為宜。因大樹移栽中的傷根多，為病原侵染提供了可乘之機。大樹移栽時，減少起苗與運輸、定植時間。對于已截過的枝干斷面，涂抹保護劑，通過綁草加以保護。
栽后加強管理：合歡樹栽后立即灌透水，促進傷口及時愈合。在日常澆水、施肥等管理過程中盡量減少創傷口。旱時澆水、雨后排澇、定期施肥。增強植株長勢，提高抗病能力。
雙條合歡天牛成蟲22-26mm，寬5-6mm，體棕色或黃棕色。危害時，可造成觀賞樹木的大批死亡，降低木材利用和綠化觀賞效果。其通常2年1代，翌春越冬幼蟲在樹皮下大量為害，成蟲6-8月出現，有趨光性，卵產在樹皮縫隙處。樹皮脫落處，露出的木質部有幼蟲蛀人時的長圓形孔。
防治方法
一是人工捕殺成蟲，成蟲羽化期，可于晚上8點左右捕殺。 二是在幼蟲孵化期，可在樹干上噴灑殺螟松。 三是在樹干基部等距離打小孔3-4個，孔深3-5cm，注入50%的久效磷1-3倍稀釋液，效果較好。 四是在幼蟲危害期，樹盤澆灌250-400倍的氧化樂果乳油，防治效果也比較理想。