合歡樹的種子處理于第二年3-4月間，將種子作處理后方可播種。由于合歡種皮堅硬，為使種子發芽整齊，出土迅速，播前2周需用0.5%的高錳酸鉀冷水溶液浸泡2h，撈出后用清水沖洗干凈置于80℃左右的熱水中浸種30s（長不能超過1min，否則影響發芽率），24h后即可進行播種。利用這種方法催芽發芽率可達80%-90%，且出苗后生長健壯不易發病。

合歡患銹病后葉背會出現一些淡黃色斑點，斑點產生白色皰狀物。早期在皰狀物中散出銹褐黃色粉末，即病原菌的夏孢子堆。后期在皰狀物中散出暗褐色粉狀物，即病原菌的冬孢子。為金合歡球銹菌，擔子菌亞門、冬孢菌綱、銹菌目。每年發病在10月下旬至第2年4月間，病部產生的皰狀物開始時只有夏孢子堆，約1個月后，出現冬孢子堆。
防治辦法是噴灑0.3 石硫合劑，或75%百菌清可濕性粉劑400倍液，10-15天噴1次，連噴2-3次。

合歡樹幼苗染枯萎病后，先是葉片變黃，然后根莖基部變軟，常出現倒伏，后全株枯死。成株染病的話，先是1-2根枝條出現癥狀，病枝上的葉片萎蔫下垂，葉色呈淡綠色或淡黃色，后期干枯脫落，隨后部分枝條開始干枯，逐步擴展到整株，至死亡。截開主干斷面，可見一整圈變色環，樹根部斷面呈褐色或黑褐色。
防治辦法是選擇抗病性強的品種，如淺色花的馳聞、深紅色花的夏洛特等，在種植形式上，好采取單株或幾株點綴種植于綠化帶、花園、庭院，不宜大面積或在街道上做行道樹，因為街道土壤堅實，排水不良。

合歡樹要進行藥劑處理，對癥狀輕微的病株，在更換土壤的同時結合藥劑處理進行控制。可采用70%甲基托布津可濕性粉、60%多·福可濕性粉100倍液噴灑樹干或涂抹；或使用14.5%多效靈水溶性粉劑、40%五氯硝基苯粉劑300倍液，以及抗枯寧、甲基托布津、多菌靈等農藥常規濃度澆灌土壤，每8天左右灌1次，連續3-4次可有效遏制病情擴展，并使植株逐步恢復；而使用70%基托布津可濕性粉劑300倍液，通過輸液的方式輸入植株內，可提高療效。在采取以上措施的同時，對樹穴及周圍相鄰土壤澆灌40%福美胂50倍液、40%五氯硝基苯粉劑300倍液，進行消毒，防止病菌蔓延。
鞘翅目，蛀于害蟲，6月下旬以老熟幼蟲在被害樹干內過冬。次年在隧道內化蛹，6月上旬開始咬食樹葉。多在干和枝上產卵，每處產卵一粒，幼蟲孵化潛入樹皮為害，到9、10月份被害處流出黑褐色膠，一直為害到11月幼蟲開始過冬。
防治方法
一是6月上旬成蟲羽化期往樹冠、干、枝上噴1500-2000倍的20%菊殺乳油等殺成蟲。
二是在5月成蟲羽化前進行樹干涂白，防止產卵。
三是幼蟲初在樹皮內為害時，往被害處涂煤油溴氰菊酯混合液（1：1），殺樹皮內幼蟲。
四是注意栽前苗木的檢疫工作，栽后加強管理，及早發現蟲害，及時清除枯株，減少蟲源及蔓延。
雙條合歡天牛成蟲22-26mm，寬5-6mm，體棕色或黃棕色。危害時，可造成觀賞樹木的大批死亡，降低木材利用和綠化觀賞效果。其通常2年1代，翌春越冬幼蟲在樹皮下大量為害，成蟲6-8月出現，有趨光性，卵產在樹皮縫隙處。樹皮脫落處，露出的木質部有幼蟲蛀人時的長圓形孔。
防治方法
一是人工捕殺成蟲，成蟲羽化期，可于晚上8點左右捕殺。 二是在幼蟲孵化期，可在樹干上噴灑殺螟松。 三是在樹干基部等距離打小孔3-4個，孔深3-5cm，注入50%的久效磷1-3倍稀釋液，效果較好。 四是在幼蟲危害期，樹盤澆灌250-400倍的氧化樂果乳油，防治效果也比較理想。