合歡樹在8月上旬以前要以施氮肥為主，后期（8月中下旬至9月間）以施用氮、磷、鉀等復混肥為主，用量為600-750kg/hm2，施肥時要按照“少量多次”的原則，不得施“猛肥”，以防肥多“燒苗”。由于合歡不耐水澇，故要在圃田內外開挖排水溝，做到能灌能排。若管理適當，當年苗高可達2000px以上。如作城鎮、園區綠化之用，要分床定植，苗期要及時修剪側枝，主干通直。

合歡樹的病害防治，夏、秋間有豆毛蟲為害羽葉。
合歡常見病害主要有潰瘍病和枯萎病。可于發病初期用50%退菌特800倍液，或50%多菌靈500-800倍液，或70%甲基托布津600-800倍液進行噴灑，7-10d噴1次，連續用藥2次。
蟲害主要有天牛、粉蚧、翅蛾等。可用80%敵敵畏乳油750g/hm2+煤油15kg/hm2，注入蟲孔殺滅天牛。用40%氧化樂果乳油1000-1500倍液，或50%辛硫磷乳油1000倍液，分別于粉蚧、翅蛾的幼蟲發生初期連續噴藥2次，間隔5-7d，還可用菊酯類農藥進行交替使用。如噴藥后4h內遇雨需補噴。

合歡患銹病后葉背會出現一些淡黃色斑點，斑點產生白色皰狀物。早期在皰狀物中散出銹褐黃色粉末，即病原菌的夏孢子堆。后期在皰狀物中散出暗褐色粉狀物，即病原菌的冬孢子。為金合歡球銹菌，擔子菌亞門、冬孢菌綱、銹菌目。每年發病在10月下旬至第2年4月間，病部產生的皰狀物開始時只有夏孢子堆，約1個月后，出現冬孢子堆。
防治辦法是噴灑0.3 石硫合劑，或75%百菌清可濕性粉劑400倍液，10-15天噴1次，連噴2-3次。

合歡樹枯萎病是一種系統性傳染病，對合歡樹來說是嚴重的病害。該病發生幾率較大，幼苗及成品樹都受到影響。其中，3-5年生樹易患枯萎病且發病速度快。另外，一些生命力弱的植株受此病影響，容易死亡。合歡枯萎病受氣候條件、土質和地勢、栽培環境及栽植管理的影響。高濕、多雨季節發病嚴重；土質粘重、地勢低洼、排水不良，積水地易發病；移栽或修剪等管理過程中造成的傷口，會增加鐮刀菌侵染機會。
合歡樹在移栽時，可用10%硫酸銅溶液蘸根處理，也可同時噴施生根粉等生長調節劑，以促進根系萌發生長。對于已截過的枝干斷面，涂抹保護劑，通過綁草加以保護，防治病菌侵入。栽后加強管理，立即灌透水，促進傷口及時愈合，在日常澆水、施肥等管理過程中盡量減少創傷口。旱時澆水，雨后排澇，定期施肥，增強植株長勢，提高抗病能力。
減少菌原感染，合歡樹盡量不在草坪中栽植，因草坪攜帶菌原對合歡會造成交叉感染；對栽入草坪中的合歡樹，要清除樹四周的草坪及雜草。在移栽前，盡量提前挖坑，高溫晾曬，用40%五氯硝基苯處理栽植坑土，尤其是對枯萎病高發區，進行土壤滅菌處理。
合歡樹要進行藥劑處理，對癥狀輕微的病株，在更換土壤的同時結合藥劑處理進行控制。可采用70%甲基托布津可濕性粉、60%多·福可濕性粉100倍液噴灑樹干或涂抹；或使用14.5%多效靈水溶性粉劑、40%五氯硝基苯粉劑300倍液，以及抗枯寧、甲基托布津、多菌靈等農藥常規濃度澆灌土壤，每8天左右灌1次，連續3-4次可有效遏制病情擴展，并使植株逐步恢復；而使用70%基托布津可濕性粉劑300倍液，通過輸液的方式輸入植株內，可提高療效。在采取以上措施的同時，對樹穴及周圍相鄰土壤澆灌40%福美胂50倍液、40%五氯硝基苯粉劑300倍液，進行消毒，防止病菌蔓延。