福建柏垂直分布于海拔580-1500米，但在1000-1300米的常綠闊葉林中較常見。陽性樹種，適生于酸性或強酸性黃壤、紅黃壤和紫色土，花期3月中旬至4月，第二年10月球果成熟。
福建柏多散生于中亞熱帶至南亞熱帶的針闊混交林中，在個別地方偶有小片純林。為淺根性陽性樹種，主根不明顯，側根發達。幼年能耐一定的庇蔭，在林冠下能天然更新，長成小樹后，需光量逐漸增加。在生境、水肥充足、土層深厚、排水良好的立地條件，生長迅速，在年平均氣溫11.5-16.5℃的溫暖、溫和、溫涼地區均有分布，喜生于雨量充沛、空氣濕潤的地方。對低溫具有一定的耐寒能力，低溫不超過-12℃。正常結實在20年前后。造林地宜選山坡中部以下緩坡及山洼等土層較厚的地方

福建柏可用種子繁殖，每畝播種量約4公升。一年生苗高可達30-40厘米，出苗后可適當遮蔭。夏季可用清糞水拌和少量疏酸亞鐵澆于幼苗根部，防止發生立枯病。小苗留床1年待二年生再出圃。造林以冬季成活率較高。
播種繁殖時在"驚蟄”前3-5日。播種前種子用0.1%高錳酸鉀液消毒20分鐘，然后用清水洗凈，陰干，用鈣鎂磷肥拌種。苗期常有立枯病危害，枝干和根系常有白蟻危害，應注意防治。2-3月播種。出土后要遮蔭。造林地以山坡中部以下緩坡及山洼等土層較厚的為宜。每公頃可栽植3000-3600株。

福建柏對立地條件要求較嚴，應選擇山地造林為好。塊狀整地，挖穴回表土，穴規格為 40×30×20厘米 ，株行距以 1.7×1.3米 （ 300 株/畝）或2×1.7米 （ 200 株/畝）為宜。穴內要清除草根、石塊等雜物。選用1-2 年生健壯實生苗造林。以晚冬早春為宜。在風大干旱地栽植時應注意苗梢不“反山”（即鱗葉的正面朝下坡，有白粉氣孔線的背面向上坡）, 須根舒展，適當深栽，適當密植。
福建柏較為耐蔭，它與杉木、柳杉、馬尾松、樟樹、擦樹、火力楠、閩楠等樹種混交造林，都表現出生長穩定、相互促進的良好效果。造林當年苗大小，易被雜草覆蓋，栽植3個月后應及時除草擴穴一次。在秋季雜草種子成熟前（9-10月）再除草松土一次。以后每年撫育1-2 次，連續撫育3年，至幼林郁閉為比。
撫育間伐：10-14年開始次間伐，17-20 年進行第止次間伐，間伐時結合進行人工整枝，去掉樹冠中下部枯死的枝條。

現狀：稀有種，因過度采伐，天然林面積日益縮小，現散生數量不多，更新能力弱。
措施：建議在本種分布較集中的湖南都龐嶺等地建立自然保護區。其余地區應保護好現 存母樹，開展采種育苗，大大營造人工林。福建安溪半林林場已種有較大面積的福建柏人工林。 福建柏種群數量逐漸，生境受到的破壞又較嚴重，因此，對福建柏應加強保護。在集中分布的習水縣良村三岔望仙臺和天堂溝，應建立福建柏自然保護區，對以福建柏為優勢的群落，應劃為相應的保護地段，嚴禁砍伐破壞。對于個別大樹，應作為采種母樹加以保護。

福建柏為中國特有的單種屬植物，在研究柏科植物系統發育方面有科學意義。 樹形優美，樹干通直，適應性強，生長較快，材質優良，是中國國南方一些省（區）的重要用材樹種，又是庭園綠化的優良樹種。
福建柏有較強的抗風能力。可以用作保持水土，抗擊臺風的有效樹種。

福建柏木材輕，收縮度小，強度中等，質地略軟，紋理勻直，結構細，加工容易，切面光滑，油漆性欠佳，膠粘性良好，握釘力中等，易干燥，干后材質穩定，耐久性良好，是建筑、家具、細木工、雕刻的良好用材。可選作亞熱帶低山至中山的造林樹種。
樹根、樹樁可蒸餾揮發油，為制造香皂之香料。