合歡患銹病后葉背會出現一些淡黃色斑點，斑點產生白色皰狀物。早期在皰狀物中散出銹褐黃色粉末，即病原菌的夏孢子堆。后期在皰狀物中散出暗褐色粉狀物，即病原菌的冬孢子。為金合歡球銹菌，擔子菌亞門、冬孢菌綱、銹菌目。每年發病在10月下旬至第2年4月間，病部產生的皰狀物開始時只有夏孢子堆，約1個月后，出現冬孢子堆。
防治辦法是噴灑0.3 石硫合劑，或75%百菌清可濕性粉劑400倍液，10-15天噴1次，連噴2-3次。

合歡樹枯萎病是一種系統性傳染病，對合歡樹來說是嚴重的病害。該病發生幾率較大，幼苗及成品樹都受到影響。其中，3-5年生樹易患枯萎病且發病速度快。另外，一些生命力弱的植株受此病影響，容易死亡。合歡枯萎病受氣候條件、土質和地勢、栽培環境及栽植管理的影響。高濕、多雨季節發病嚴重；土質粘重、地勢低洼、排水不良，積水地易發病；移栽或修剪等管理過程中造成的傷口，會增加鐮刀菌侵染機會。

合歡樹幼苗染枯萎病后，先是葉片變黃，然后根莖基部變軟，常出現倒伏，后全株枯死。成株染病的話，先是1-2根枝條出現癥狀，病枝上的葉片萎蔫下垂，葉色呈淡綠色或淡黃色，后期干枯脫落，隨后部分枝條開始干枯，逐步擴展到整株，至死亡。截開主干斷面，可見一整圈變色環，樹根部斷面呈褐色或黑褐色。
防治辦法是選擇抗病性強的品種，如淺色花的馳聞、深紅色花的夏洛特等，在種植形式上，好采取單株或幾株點綴種植于綠化帶、花園、庭院，不宜大面積或在街道上做行道樹，因為街道土壤堅實，排水不良。
做好合歡幼苗的病蟲害預防。當幼苗長出2—3片真葉時，噴1次甲胺磷2000倍液，防止螞蟻等害蟲危害幼苗，以后定時定量在葉面上噴灑葉面肥，提高苗木抗病能力。
選擇適宜生長的栽植地。 以土壤疏松、排水條件較好的地方種植，切忌低洼積水。
減少合歡樹的傷口，在日常養護管理中，盡量少剪枝，剪口要適當涂抹保護劑。移栽時，以移栽小苗為宜，因大樹移栽中的傷根多；大樹移栽時，減少起苗與運輸、定植時間，栽前對根部進行殺菌消毒，可噴灑40%多菌靈可濕性粉劑500倍液，或65%代森鋅可濕性粉劑500倍液。
合歡移栽：栽前對根部進行殺菌消毒。以移栽小苗為宜。因大樹移栽中的傷根多，為病原侵染提供了可乘之機。大樹移栽時，減少起苗與運輸、定植時間。對于已截過的枝干斷面，涂抹保護劑，通過綁草加以保護。
栽后加強管理：合歡樹栽后立即灌透水，促進傷口及時愈合。在日常澆水、施肥等管理過程中盡量減少創傷口。旱時澆水、雨后排澇、定期施肥。增強植株長勢，提高抗病能力。
鞘翅目，蛀于害蟲，6月下旬以老熟幼蟲在被害樹干內過冬。次年在隧道內化蛹，6月上旬開始咬食樹葉。多在干和枝上產卵，每處產卵一粒，幼蟲孵化潛入樹皮為害，到9、10月份被害處流出黑褐色膠，一直為害到11月幼蟲開始過冬。
防治方法
一是6月上旬成蟲羽化期往樹冠、干、枝上噴1500-2000倍的20%菊殺乳油等殺成蟲。
二是在5月成蟲羽化前進行樹干涂白，防止產卵。
三是幼蟲初在樹皮內為害時，往被害處涂煤油溴氰菊酯混合液（1：1），殺樹皮內幼蟲。
四是注意栽前苗木的檢疫工作，栽后加強管理，及早發現蟲害，及時清除枯株，減少蟲源及蔓延。