臭氧殺菌機理以氧化作用破壞微生物膜的結構實現殺菌作用。臭氧作用于細胞膜，使膜構成成份受損傷而導致新陳代謝障礙，臭氧繼續滲透穿透膜而破壞膜內脂蛋白和脂多糖，改變細胞的通透性，導致細胞溶解、死亡。而臭氧滅活病毒則認為氧化作用直接破壞其核糖核酸RNA或脫氧核糖核酸DNA物質而完成的。

紫外線以光波輻射作用殺菌，只有照射到的位置且達到照射強度標準才有殺菌效果。食品加工車間很高、很大，照射強度與距離平方成反比，強度不夠，照射又有很大死角。臭氧為氣體，擴散性好，無死角，濃度均勻紫外線殺菌在相對濕度60%以上時效果急劇下降，80%濕度上時反可誘使細菌復活。臭氧則相反，濕度越高殺菌效果越好，對食品行業80%－90%高濕環境特別適合

按臭氧產生部件的結構劃分，有密閉式和開放式兩種。密閉式發生器的結構特點是密封體本身就是電極，臭氧能夠集中使用，如用于水處理。開放式發生器的電極是裸露在空氣中的，所產生的臭氧無法集中使用，通常只用于較小空間的空氣凈化或某些小型物品表面消毒。密閉式發生器可代替開放式發生器使用。密閉式發生器的成本遠開放式發生器。值得注意的是，有些人把開放式發生器硬性封裝起來，冒充密閉式發生器。這樣做的結果是由于大量的熱量無法及時散發，臭氧衰減嚴重，發生器也很快燒損。

臭氧機具有強大的除臭功能
　　臭氧在日常生活中能夠應用到地方非常多，臭氧能氧化分解細菌內部葡萄糖所需的酶，使細菌滅活死亡。臭氧還可以直接與細菌、病毒作用，破壞它們的細胞器和DNA、RNA，使細菌的新陳代謝受到破壞，導致細菌死亡。

　　通常用臭氧機除臭的方式分為藥劑除臭和除臭設備除臭。除臭劑主要有以下幾種類型：物理除臭劑、化學除臭劑、微生物型除臭劑、植物型除臭劑和復合型除臭劑等;除臭設備常見的有UV紫外燈和臭氧發生器。

臭氧機除臭是通過臭氧發生器產生臭氧，臭氧機氧化臭氣體如：氨、胺、硫化氫、甲硫氫、甲硫醇、甲硫醚、二甲二硫、二硫化碳和苯乙烯，硫化物H2S、VOC類，苯、甲苯、二甲苯等，使呈游離狀態的污染物分子與臭氧氧化結合成小分子無害或低害的化合物，如CO2、H2O等，從而達到除臭的效果。臭氧除臭過程中，成本低，幾乎不需要添加藥劑;除臭速度快，通常幾分鐘就能達到除臭效果;如果臭氧設備保養的好，使用周期較長，更換頻率很低。藥劑除臭，有一定的局限性，不如設備除臭。而UV紫外燈除臭過程中，臭氧濃度過低，除臭效果有限。綜合來看，臭氧機經濟實惠。

臭氧主要存在于距地球表面20千米的同溫層下部的臭氧層中，含量約50ppm。它吸收對人體有害的短波紫外線，防止其到達地球，以屏蔽地球表面生物，不受紫外線侵害。

　　臭氧機生產的臭氧的氧化能力，其氧化還原電位僅次于氟，在其應用中主要用這一特性。

　　臭氧支持燃燒，可燃物放入臭氧中可發生自燃現象且燃燒較氧氣中更加劇烈。

　　臭氧與亞鐵、Mn2+ 、硫化物、硫氰化物、氰化物、氯等均發生反應，臭氧在水溶液中與有機物的反應極其復雜。

　　⑴ 臭氧與烯烴類化合物的反應 臭氧容易與具有雙鍵的烯烴化合物發生反應，反應的終產物可能是單體的、聚合的、或交錯的臭氧化物的混合體。臭氧化物分解成醛和酸。

　　⑵ 臭氧和芳香族化合物的反應 臭氧和芳香族化合物的反應較慢，在系列苯<萘<菲<嵌二萘<蒽中，其反應速度常數逐漸增大。

　　⑶臭氧機的臭氧對核蛋白(氨基酸)系、有機氨也都發生反應。