運送鮮魚、鮮肉、冷凍食品及水果、蔬菜、膠片、藥品等需要保持一定溫度的貨物的密閉集裝箱。分冷凍集裝箱和保溫集裝箱兩種。 (1)冷凍集裝箱一般在箱的前端部設有內藏式冷凍裝置。在冷凍機工作時，冷風從箱內后端的通風管吹出通過箱壁上凸條間的空隙和箱底的通風導軌，經前端壁上的冷風吸入口，返回冷凍機進行回圈。為了提高冷卻效果，整個冷凍集裝箱的箱壁、箱頂和箱底內部都鋪有絕緣材料。冷凍集裝箱工作溫度在-28℃~+26℃之間，根據貨種的需要，可自動調節是箱內溫度不變。 (2)保溫集裝箱主要用于裝載水果、蔬菜等鮮貨。一般用干冰等冷劑防止箱內溫度過度上升，通常的保溫時間為72小時左右。箱內四周和上下都有充分的防熱構造。

集裝箱船裝箱的計劃圖，裝卸區據此裝箱。配載圖由外輪代理公司根據訂艙清單及堆場積載計劃編制，在船舶抵港征得船方同意后，便據此裝船。配載圖由集裝箱船各排、每列和分層的橫斷而構成。進行配載時，要達到如下要求： （1）船舶縱斷面的強度和船舶的穩定性； （2）保持理想的吃水差，使其具有良好的操縱性和快速性； （3）合理地利用船舶的載重量和艙容； （4）集裝箱在艙內完整無損； （5）要考慮便于裝卸作業； （6）多港裝卸時，對下面停靠港的裝卸不要造成翻艙。

在裝貨前，要對冷凍集裝箱內使用的墊木和其他襯墊材料要預冷，并要對貨物應進行預冷處理，并預冷到運輸要求的溫度，因冷箱設計制冷能力有限，僅能用于保持貨物的溫度。如果貨物溫度過高，將使制冷系統超負荷工作，導致該系統出現故障，影響貨物安全。

裝箱前及裝貨時應注意：設定的溫度應正確;設定的新鮮空氣換氣量應正確;設定的相對濕度應正確;裝箱時制冷系統應停止工作;箱內堆裝的貨物應低于紅色裝載線和不超出T型槽的垂直面;箱內堆裝的貨物應牢固、穩妥;箱內堆裝貨物的總重量應不超過冷箱大允許載重量;冷藏集裝箱裝貨后總重量(包括附屬設備的重量)在運輸途中不應超過任一途經國的限重。

各種運輸方式之間的交接可能出現短途運輸或制冷系統故障，造成停止制冷。對冷凍和冷藏保鮮貨物短時間地停止制冷狀態是允許的。許多產品出現幾小時的停止制冷可以接受，但并非所有貨物都如此。對任何冷藏貨物均不允許出現長時間地停止制冷。對特種貨物和溫度敏感貨物應保持制冷系統連續工作，避免任何溫度波動造成貨物質量下降。

每個冷藏集裝箱在交付使用前應對箱體、制冷系統等進行全面檢查，冷藏集裝箱清潔、無損壞、制冷系統處于佳狀態。經檢查合格的冷箱應貼有檢查合格標簽。根據不同易腐貨物應確認下述事項：佳溫度設定;新鮮空氣換氣量設定;相對濕度設定;運輸總時間;貨物體積;采用的包裝材料和包裝尺寸;所需的文件和單證等。