冷藏集裝箱有外置式和內置式兩種，溫度可以在特定范圍內調節。內置型集裝箱在運輸中可以自由啟動制冷機，將集裝箱保持在溫度，另一方面，外置集裝箱需要集裝箱車、船、放置站所配備的制冷機。適合夏天運送黃油、巧克力、冷凍海鮮、煉乳等。

冷藏集裝箱在冷卻過程中經常發生故障，造成這種故障的原因很多。例如，冷藏集裝箱在運行時設定的溫度與人工實測的溫度相同，但冷武箱溫度記錄表盤顯示的溫度和前者相差很大，表明溫度感溫探測器出現故障。雖然還有其他故障原因，但不管是什么原因，都要準備檢查和維修。

為了避免冷藏集裝箱內壁面產生凝結水，可采取如下措施：
1． 如果箱內濕度正常，則應設法提高隔熱壁的內部熱阻（減小K值），或設法減小內表面的對流熱阻，以提高內壁面的溫度t2，例如增加箱內空氣流速。
2． 如果箱內空氣濕度很大時，采用上述方法是無效的。這時，應該在內壁面增加防水層，以免水分滲入隔熱壁內部。
至于隔熱壁內部結露，主要是由于箱內外水蒸氣的壓力差和隔熱壁的滲透性造成的。由于隔熱壁兩側空氣溫度的不同，即使兩側空氣的濕度相等，溫度高的一側空氣的水蒸氣分壓力也比溫度低的一側大。這樣就會產生水蒸氣分壓力差，此時水蒸氣將從水蒸氣分壓力高的一側通過隔熱壁向分壓力較低的一側滲透。

冷藏集裝箱非故障性溫度差異和融霜規律的探討：
冷藏集裝箱非故障性溫度差異的探討：溫度記錄紙表盤（或電子溫度計）顯示的溫度時常與箱內實際溫度有差異，尤其是處在冷凍和冷藏兩種不同工作狀態，這種差異尤為，而事實上冷藏集裝箱本身并沒有任何故障。經過研究，我們發現： 冷藏集裝箱在構造上，將控制冷藏集裝箱內部溫度的感溫探頭分別設置在回風口處和供風口處。在蒸發器下方的是供風口，其上方的是回風口。供風口的溫度波動較大，而回風口的溫度波動較小。所以，感溫探頭放置在不同位置，在溫度記錄儀上反映的結果也不同。

二手冷藏集裝箱：不同的貨物對集裝箱有不同的要求。例如，運輸鮮肉的冷藏車需要定制車廂上的掛鉤。冷鏈物流的平均運輸時間為3-4天，已成為必然趨勢。由于貨物批次小、品種多，配送到商店的冷藏車需要多層冷藏車。對于溫度要求不同、裝卸頻繁的貨物，需要開啟更多的冷藏車。隨著科學技術的進步和低溫制冷技術的發展，食品冷鏈是指易腐食品在繁殖、儲存、運輸、銷售和消費的各個環節始終處于規定的低溫環境中。

冷凍集裝箱是一具有良好隔熱，且能維持一定低溫要求，適用于各類易腐食品的運送、貯存的集裝箱。專為運輸要求保持一定溫度的冷凍貨或低溫貨而設計的集裝箱。它分為帶有冷凍機的內藏式機械冷藏集裝箱和沒有冷凍機的外置式機械冷藏集裝箱。
冷凍集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3d。
冷凍集裝箱箱內的溫度升、降速度與箱內裝載貨物有關，當達到設定溫度范圍-18℃±3℃后，應維持其箱內溫度的穩定。但在計算冷藏箱不制冷時箱內溫升時，可采用如下經驗公式作為標準值計算
1）冷卻貨（不通風時）0.0054*(tw-tn）℃/h
2）冷凍貨0.0067*（tw-tn) ℃/h式中tw和tn分別為外界溫度和箱內溫度℃。