很多貨主在出口冷藏貨物裝箱的時候，會將冷藏集裝箱預冷到設定溫度，這種做法其實有可能會對貨物和冷藏集裝箱兩者都帶來不良影響，這是不科學的做法，會因此不能的集裝箱冷藏(凍)運輸。

冷藏集裝箱在冷卻過程中經常發生故障，造成這種故障的原因很多。例如，冷藏集裝箱在運行時設定的溫度與人工實測的溫度相同，但冷武箱溫度記錄表盤顯示的溫度和前者相差很大，表明溫度感溫探測器出現故障。雖然還有其他故障原因，但不管是什么原因，都要準備檢查和維修。

通常，冷藏集裝箱容器的平均冷卻速度為313℃/h空容器):但裝貨后，由于貨物的熱容量大，冷卻諫度將大大降低，有時需要15-16小時才能達到設定的溫度要求。如果輸入溫度很高，則需要2-3天才能達到設定溫度。

為了避免冷藏集裝箱內壁面產生凝結水，可采取如下措施：
1． 如果箱內濕度正常，則應設法提高隔熱壁的內部熱阻（減小K值），或設法減小內表面的對流熱阻，以提高內壁面的溫度t2，例如增加箱內空氣流速。
2． 如果箱內空氣濕度很大時，采用上述方法是無效的。這時，應該在內壁面增加防水層，以免水分滲入隔熱壁內部。
至于隔熱壁內部結露，主要是由于箱內外水蒸氣的壓力差和隔熱壁的滲透性造成的。由于隔熱壁兩側空氣溫度的不同，即使兩側空氣的濕度相等，溫度高的一側空氣的水蒸氣分壓力也比溫度低的一側大。這樣就會產生水蒸氣分壓力差，此時水蒸氣將從水蒸氣分壓力高的一側通過隔熱壁向分壓力較低的一側滲透。

冷凍集裝箱是一具有良好隔熱，且能維持一定低溫要求，適用于各類易腐食品的運送、貯存的集裝箱。專為運輸要求保持一定溫度的冷凍貨或低溫貨而設計的集裝箱。它分為帶有冷凍機的內藏式機械冷藏集裝箱和沒有冷凍機的外置式機械冷藏集裝箱。
冷凍集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3d。
冷凍集裝箱箱內的溫度升、降速度與箱內裝載貨物有關，當達到設定溫度范圍-18℃±3℃后，應維持其箱內溫度的穩定。但在計算冷藏箱不制冷時箱內溫升時，可采用如下經驗公式作為標準值計算
1）冷卻貨（不通風時）0.0054*(tw-tn）℃/h
2）冷凍貨0.0067*（tw-tn) ℃/h式中tw和tn分別為外界溫度和箱內溫度℃。

冷藏集裝箱是一種能保持設定溫度的保溫容器，主要運輸冷凍食品。它是為運輸魚、肉、新鮮水果和蔬菜等食物而設計的。目前，國際上使用的冷藏集裝箱基本上有兩種：一種是機械冷藏集裝箱，集裝箱內裝有冰箱；另一種容器沒有冰箱，只有隔熱結構，即在容器的端壁上有進氣口和孔。箱體安裝在機艙內，冷風由船舶制冷裝置提供。這種集裝箱稱為離合器式冷藏集裝箱（也稱為外部或夾緊式冷藏集裝箱）。