使用冷藏集裝箱的時候，要注意在冷藏箱裝滿貨之后檢查一些原有的質量，這樣才會確保質量是合格的。在裝箱的過程中，要按照裝貨堆碼的原則，這樣才可以更好的避免冷風短路降溫的情況，從而可以提高制冷設備的制冷效果。

在使用冷藏集裝箱的時候如果是長距離運輸，那么箱內的溫度差不能超過3度，這樣才可以箱內的溫度保持在一個恒溫的狀態。如果是運輸新鮮的水果或者是蔬菜，那么要及時打開新風口，可以進行通氣。

上海缽滿集裝箱有限公司二手12米冷藏集裝箱非故障性溫度差異和融霜規律的探討：
冷藏集裝箱非故障性溫度差異的探討：溫度記錄紙表盤（或電子溫度計）顯示的溫度時常與箱內實際溫度有差異，尤其是處在冷凍和冷藏兩種不同工作狀態，這種差異尤為，而事實上冷藏集裝箱本身并沒有任何故障。經過研究，我們發現： 冷藏集裝箱在構造上，將控制冷藏集裝箱內部溫度的感溫探頭分別設置在回風口處和供風口處。在蒸發器下方的是供風口，其上方的是回風口。供風口的溫度波動較大，而回風口的溫度波動較小。所以，感溫探頭放置在不同位置，在溫度記錄儀上反映的結果也不同。

冷藏集裝箱租賃是指集裝箱所有人將空箱租給使用人的一項業務。
冷藏集裝箱租賃業務由集裝箱租賃公司經營，該租賃公司經營集裝箱出租業務，它是集裝箱所有人。
冷藏集裝箱所有人為出租的一方集裝箱，與使用人，一般是船公司或貨主，為承租的一方，雙方簽訂租賃合同。由出租人提供合格的集裝箱交由承租人在約定范圍內使用。

冷藏集裝箱（Reefer Container) 它是以運輸冷凍食品為主，能保持所定溫度的保溫集裝箱。它專為運輸如魚、肉、新鮮水果、蔬菜等食品而設計的。目前國際上采用的冷藏集裝箱基本兩種: 一種是集裝箱內帶有冷凍機的叫機械式冷藏集裝箱；另一種箱內沒有冷凍機而只有隔熱結構，即在集裝箱端壁上設有進氣孔和孔，箱子裝在艙中，由船舶的冷凍裝置供應冷氣，這種叫做離合式冷藏集裝箱（又稱外置式或夾箍式冷藏集裝箱）。

冷凍集裝箱是一具有良好隔熱，且能維持一定低溫要求，適用于各類易腐食品的運送、貯存的集裝箱。專為運輸要求保持一定溫度的冷凍貨或低溫貨而設計的集裝箱。它分為帶有冷凍機的內藏式機械冷藏集裝箱和沒有冷凍機的外置式機械冷藏集裝箱。
冷凍集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3d。
冷凍集裝箱箱內的溫度升、降速度與箱內裝載貨物有關，當達到設定溫度范圍-18℃±3℃后，應維持其箱內溫度的穩定。但在計算冷藏箱不制冷時箱內溫升時，可采用如下經驗公式作為標準值計算
1）冷卻貨（不通風時）0.0054*(tw-tn）℃/h
2）冷凍貨0.0067*（tw-tn) ℃/h式中tw和tn分別為外界溫度和箱內溫度℃。