冷藏集裝箱的陸上運輸工具中有溫控集裝箱的水運交通工具，以及運用更高運速的空中運輸工具。但是用戶在選擇以上三種運輸方式的時候，還應該仔細去考慮冷藏運輸多少錢這個問題，因為只有在不斷的對比和分析當中，才能選擇出適合自身的冷藏運輸方式。

為了解決集裝箱進出口不平衡的問題，船公司通常要向出口大于進口的地區調撥大量空箱。由于空箱的調撥要增加大量調撥成本，船公司在空箱調撥進口至空箱裝貨出口的過程中更應加強集裝箱管理，避免超期箱的出現。在集裝箱運輸中空箱由進口到出口的整個流程可以歸結如下：
　冷藏集裝箱船舶進港→空箱卸船→碼頭堆存→集裝箱車隊拖箱→空箱進堆場→發貨人提箱→裝箱→重箱進港區→裝船。

冷藏集裝箱根據制冷方式分類
(1)外置式冷藏集裝箱。無制冷裝置，箱體隔熱結構良好，箱端處有軟管連接器，可與船上或陸上冷凍站的制冷裝置連接，供給箱體冷源。
(2)內藏式冷藏集裝箱。箱體設有制冷裝置，由船上或陸上電源供電，或自備發電機供制冷裝置運行使用，以向集裝箱供冷。
(3)冷凍板冷藏集裝箱。利用冷凍板低溫共晶溶液進行蓄冷并向集裝箱提供冷源。
(4)液氮或干冰冷藏集裝箱。利用液氮噴淋或干冰向集裝箱提供冷源。
(5)氣調冷藏集裝箱。利用控制集裝箱內空氣中的氧、二氧化碳和乙烯等氣體的濃度，抑制果蔬的呼吸和催熟作用，并把向內溫度降至所需貯藏溫度的一種特種冷藏集裝箱。

冷藏集裝箱應注意溫度讀數的增加不會立即對貨物的實際溫度產生影響，也并不意味著制冷裝置處于不穩定狀態。電子數據記錄除了溫度以外，通常還會顯示除霜間隔和持續時間。如果裝貨溫度超過了設定溫度，冷藏裝置將會開始自動的將貨物溫度降至符合要求的溫度水平。如果貨物已經解凍，冷藏裝置將會嘗試降低貨物溫度但會持續頻繁進行除霜。

冷藏集裝箱的貨物檢查，在裝箱之前應對冷藏水果和蔬菜的溫度以及冷凍貨物的中心溫度進行檢測。還應檢查水果和蔬菜是否存在比如發霉、枯萎、脫水、萎蔫、褪色、軟點、破皮和脫皮、擦傷、凍傷和發臭等冷藏前的損壞。對于冷凍貨物還應檢查其是否有脫水、干燥、移位、發臭、黑斑和顏色改變，以及是否有因溫度升高解凍后又重新冷凍的跡象。還應檢查紙箱、托盤和其他包裝物狀況是否良好，是否能夠在整個海運過程中保護貨物狀況。

冷藏集裝箱溫度記錄：
數據記錄儀監測冷藏貨艙的送風和回風溫度，該數據存在電子存儲器中。該存儲器也記錄預檢結果和報警情況，以及一系列與控制器和電力裝置的數據交流情況。這些數據可直接下載到電腦中，進而可進行打印，存儲或者作為郵件附件形式發出。如果數據記錄儀能夠記錄“開始行程”信息，該信息應當包括貨物的來源地及其目的地。同時應檢查確認其日期和時間信息是否準確。