隨著冷藏集裝箱制冷與控制技術的發展和日臻完善，冷藏集裝箱適裝貨物范圍不斷拓展，包括溫度從-60℃的超級冷凍魚到30℃的花球莖，溫度控制偏差要求小于1℃的溫度敏感貨物，采用濕度、空氣結構控制或調節保鮮的水果和蔬菜等，將貨物以侍質量交付貨主，延長上市保鮮期，提高經濟效益。雖然冷藏集裝箱現已具備多種完善地體質貨物質量的功能，但貨物正確的裝箱前預處理，適當的包裝和箱內堆裝，特定的溫度、濕度、新鮮空氣換氣量設置用空氣結構控制或調節等都十分重要。如果做不好這些工作，將無法把貨物保質保量地安全運抵目的地。

在裝貨前，要對冷凍集裝箱內使用的墊木和其他襯墊材料要預冷，并要對貨物應進行預冷處理，并預冷到運輸要求的溫度，因冷箱設計制冷能力有限，僅能用于保持貨物的溫度。如果貨物溫度過高，將使制冷系統超負荷工作，導致該系統出現故障，影響貨物安全。

裝箱前及裝貨時應注意：設定的溫度應正確;設定的新鮮空氣換氣量應正確;設定的相對濕度應正確;裝箱時制冷系統應停止工作;箱內堆裝的貨物應低于紅色裝載線和不超出T型槽的垂直面;箱內堆裝的貨物應牢固、穩妥;箱內堆裝貨物的總重量應不超過冷箱大允許載重量;冷藏集裝箱裝貨后總重量(包括附屬設備的重量)在運輸途中不應超過任一途經國的限重。

各種運輸方式之間的交接可能出現短途運輸或制冷系統故障，造成停止制冷。對冷凍和冷藏保鮮貨物短時間地停止制冷狀態是允許的。許多產品出現幾小時的停止制冷可以接受，但并非所有貨物都如此。對任何冷藏貨物均不允許出現長時間地停止制冷。對特種貨物和溫度敏感貨物應保持制冷系統連續工作，避免任何溫度波動造成貨物質量下降。

根據冷凍貨物、保鮮貨物、一般冷藏貨物、危險品的特點，在冷箱內的堆放方式也有所不同。冷凍貨物、一般冷藏貨物、危險品等。由于貨物本身不發熱，且在包裝前已預冷到設定的運輸溫度，所以堆碼方法非常簡單，只需將貨物緊密堆碼成一個整體即可。貨物的外包裝之間以及貨物與箱壁之間不應有縫隙。但是，裝載的貨物應該低于紅色裝載線。只有這樣，冷空氣才能均勻地流過貨物，貨物達到所需的溫度。生鮮商品由于呼吸作用會產生二氧化碳、水蒸氣、少量乙烯等微量氣體和熱量。

堆碼方式要使冷空氣在包裝材料和整件貨物之間循環，帶走呼吸產生的氣體和熱量，補充新鮮空氣，有兩種標準包裝方法。 　　(1)無間隙積木堆放的貨物應像堆放木材一樣整體堆放，貨物與箱壁之間不留間隙。如果裝載的貨物不能占據冷箱的整個底部，剩余區域應該用紙板或類似材料覆蓋，這樣可以防止空氣流通“短路”，導致貨物冷卻不充分，箱內堆放的貨物應低于紅色裝載線，不超出T型槽的垂直面，以冷空氣的良好流通，貨物上不得覆蓋塑料薄膜等材料。 　　(2)托盤堆碼法既要符合積木堆碼法的要求，又要使托盤上堆碼的箱子四角上下對齊，使重量均勻分布，箱子上下的通風孔要上下對齊，以便冷空氣流通。