在使用二手冷藏集裝箱運輸水果的時候，需要考慮到水果的呼吸作用和乙烯的催熟作用，從而對箱內的環境加以控制。
氣調法是比較常用的一種方法，就是指將果蔬用氣密材料包裹，使果蔬和周圍的氣體不能進行交換，而果蔬可以依靠自身的呼吸作用，使儲藏環境的氣體含量達到適宜的標準；也可以適當沖入氣體，來維持各種氣體的平衡。然后就是連續氣調法，這種方法是指通過檢查儀器，對冷庫內部的氣體含量進行檢測與調整，冷庫內部的各種氣體的成分與設定的標準相一致。
有時候還會利用高錳酸鉀吸收乙烯的化學原理，來減少二手冷藏集裝箱內部乙烯的含量，調節各種氣體的比例。

因為集裝箱是有很多的種類的，比如說有一些是舊冷凍集裝箱，那么對于運送鮮魚還有鮮肉以及其他的一些冷凍食品也都是非常合適，還有一些水果和蔬菜也都可以的，能夠讓一些貨物在一定的溫度下面都是有比較好的保存。溫度能夠保持在零下20幾度到零上26度左右都可以選擇的，就算是舊集裝箱，它的保溫質量也不會有差很多的。所以當船公司不采用的時候，也是可以拿來做舊集裝箱使用，一些是食品廠商的，也是非常好的，而且價錢也非常的便宜。舊集裝箱的一些質量不會差，所以保溫的時間也是有70個小時左右可以堅持的，所以有足夠的保溫時間。

有足夠的時間進行報關，上船，以及應對突發事件。

　　A.在客戶產地封關，再到海關轉關的，至少需要預留一天的報關時間。

　　B.如客戶在海關一般貿易清關的，需要預留兩至三天的報關時間。

　　特殊情況處理：如在結關日下午遇到突發事件影響(如海關查柜等情況)，不能按時報關放行時，需要立刻向船公司申請延后收放行條的時間，并向船公司確認開船的準確時間。如船將在第二天下午或晚上開船，那就很有希望向船公司申請將收放行條時間延到第二天的中午或下午(因船公司一般情況下都會想辦法，盡量讓凍柜上船)。

請務必合理的裝載貨物，如果您將貨物過多的裝載到箱內，大負荷高度不應超過集裝箱的紅色載重線。不然會影響到凍柜內部的冷風循環，引起風力循環不暢導致冷柜保溫效果變差甚至失效。凍柜集裝箱裝貨時，將貨物擺放至 T 型地板邊緣。 這可確保在整個集裝箱內有均勻的空氣流通。如果貨物不夠填滿 T 型地板，建議用填充物或襯墊塞滿空位。 這種方法也可用于填充托盤之間的中間板面上的空隙。遵循以下指引，您可確保冰凍柜集裝箱中的空氣按您想要的路線在商品周圍流通，而不是繞過整箱貨物。

二手集裝箱既然作為了一種運輸工具，那么在運輸過程中難免會遇到腐蝕性的物體，密封件的裝卸，運輸過程中的碰撞等等都會造成箱體的損傷以及其他的安全隱患。而且這種運輸通常都是長期的，路途遙遠的，在這個過程中總有無法避免的一些因素會對其造成污染，無論是來自外界還是操作失誤導致，所以，安全清洗就顯得格外重要。

二手集裝箱前期的用途是作為廢舊的金屬材料收回。由于集裝箱全部是由金屬制造，例如一般干貨箱成分是鋼材， 冷藏集裝箱成分是不銹鋼、不銹鐵、鋁等，因此前期集裝箱被挑選下來后基本都是作為廢金屬收回。