冷藏集裝箱架構都是由鍍鋅鋼制作而成的，集裝箱內部是由復合板和鋁板想結合的具有非常好的隔熱效果，能夠保存好集裝箱內部的冷氣。冷藏集裝箱內部的溫度按照國際慣例是在-30度到12度，如果運輸的是肉質食品就可以將溫度調低冰凍起來，如果運輸的是水果之類的溫度就不能太控制在5度上下即可。

冷藏集裝箱在制冷過程中經常會出現一些故障，導致這些故障的原因很多。常見的幾種故障及判定方法如下：　　　
　　1、打開電源開關，如果制冷系統不工作，先應檢查電源轉換開關是否在你選擇的電壓上，電源插座是否插好，保險絲是否損壞；
　　2、打開電源開關，制冷機各系統工作，但是不制冷。這種情況下一般是沒有制冷劑了；
　　3、開機后，制冷機工作幾分鐘自動停機，幾分鐘之后又自動開機，這種情況下多是缺少制冷劑。如果開機后20分鐘以后，通過制冷劑顯示鏡可見氣泡，即屬于缺少制冷劑。如果，夏天出現自動停機情況，若不是缺少制冷劑，那么是冷凝器灰塵太多，或者是由于制冷劑過多造成的。
　　4、制冷機正在工作，電腦不能儲存實際溫度，一般是制冷機的溫度感應器或電腦系統壞了。
　　5、冷凍集裝箱各系統工作正常，制冷狀況也正常，但是，反映在溫度記錄紙表盤上的溫度波動范圍太大。原因可能是：通氣口沒關閉、冷藏集裝箱門沒有關嚴、或者是冷藏集裝箱局部破損，導致箱內冷氣泄漏。
　　6、一般來說，冷藏箱的融霜周期是在制冷前設定的，在制冷過程中融霜的規律性很強。如果在執行融霜的時候出現持續融霜時間過長，則表明融霜控制開關壞了。如果融霜在制冷機工作期間終止，則表明加熱器壞了。
　　7、冷藏集裝箱正運行的時候，如果發現設定的溫度與人工在箱內實測溫度相同，而冷藏箱溫度記錄表盤顯示的溫度與前者相差過大，這表明溫度感溫探頭壞了。

上海缽滿集裝箱有限公司二手12米冷藏集裝箱非故障性溫度差異和融霜規律的探討：
冷藏集裝箱非故障性溫度差異的探討：溫度記錄紙表盤（或電子溫度計）顯示的溫度時常與箱內實際溫度有差異，尤其是處在冷凍和冷藏兩種不同工作狀態，這種差異尤為，而事實上冷藏集裝箱本身并沒有任何故障。經過研究，我們發現： 冷藏集裝箱在構造上，將控制冷藏集裝箱內部溫度的感溫探頭分別設置在回風口處和供風口處。在蒸發器下方的是供風口，其上方的是回風口。供風口的溫度波動較大，而回風口的溫度波動較小。所以，感溫探頭放置在不同位置，在溫度記錄儀上反映的結果也不同。