冷凍集裝箱一般在箱的前端部設有內藏式冷凍裝置。在冷凍機工作時，冷風從箱內后端的通風管吹出通過箱壁上凸條間的空隙和箱底的通風導軌，經前端壁上的冷風吸入口，返回冷凍機進行回圈。為了提高冷卻效果，整個冷凍集裝箱的箱壁、箱頂和箱底內部都鋪有絕緣材料。冷凍集裝箱工作溫度在-28℃~+26℃之間，根據貨種的需要，可自動調節使箱內溫度不變。

一般在裝箱前要求對貨物進行預冷，使貨物溫度降低到給定溫度以下，然后裝箱。要求對冷藏集裝箱的制冷溫度，是否還有其他特別要求進行核驗，例如調整空氣量、保鮮度等。對冷藏集裝箱的內部、外部和底部結構進行檢查，檢查其是否有損壞。如果有損壞，將會影響制冷或保溫效果。還要確定冷藏集裝箱的箱型。一般保鮮貨物的冷藏溫度要求在0℃以上，對于裝運保鮮貨物的冷藏集裝箱要求比較高。

在使用二手冷藏集裝箱運輸水果的時候，需要考慮到水果的呼吸作用和乙烯的催熟作用，從而對箱內的環境加以控制。
氣調法是比較常用的一種方法，就是指將果蔬用氣密材料包裹，使果蔬和周圍的氣體不能進行交換，而果蔬可以依靠自身的呼吸作用，使儲藏環境的氣體含量達到適宜的標準；也可以適當沖入氣體，來維持各種氣體的平衡。然后就是連續氣調法，這種方法是指通過檢查儀器，對冷庫內部的氣體含量進行檢測與調整，冷庫內部的各種氣體的成分與設定的標準相一致。
有時候還會利用高錳酸鉀吸收乙烯的化學原理，來減少二手冷藏集裝箱內部乙烯的含量，調節各種氣體的比例。

有足夠的時間進行報關，上船，以及應對突發事件。

　　A.在客戶產地封關，再到海關轉關的，至少需要預留一天的報關時間。

　　B.如客戶在海關一般貿易清關的，需要預留兩至三天的報關時間。

　　特殊情況處理：如在結關日下午遇到突發事件影響(如海關查柜等情況)，不能按時報關放行時，需要立刻向船公司申請延后收放行條的時間，并向船公司確認開船的準確時間。如船將在第二天下午或晚上開船，那就很有希望向船公司申請將收放行條時間延到第二天的中午或下午(因船公司一般情況下都會想辦法，盡量讓凍柜上船)。

二手集裝箱既然作為了一種運輸工具，那么在運輸過程中難免會遇到腐蝕性的物體，密封件的裝卸，運輸過程中的碰撞等等都會造成箱體的損傷以及其他的安全隱患。而且這種運輸通常都是長期的，路途遙遠的，在這個過程中總有無法避免的一些因素會對其造成污染，無論是來自外界還是操作失誤導致，所以，安全清洗就顯得格外重要。

二手集裝箱前期的用途是作為廢舊的金屬材料收回。由于集裝箱全部是由金屬制造，例如一般干貨箱成分是鋼材， 冷藏集裝箱成分是不銹鋼、不銹鐵、鋁等，因此前期集裝箱被挑選下來后基本都是作為廢金屬收回。