在運用冷藏集裝箱運輸水果的時候，需求考慮到水果的呼吸作用和乙烯的催熟作用，從而要對冷藏集裝箱內的溫度加以控制。而氣凋法是比較常用的一種辦法，是指將果蔬用氣密材料包裹，使果蔬和同圍的氣體不能進行交流，而果蔬能夠依托自身的呼吸作用，使儲藏環境的氣體含量達到適宣的標準住；也能夠適當沖入氣體，來維持各種氣體的平衡。然后便是接連氣調法，這種辦法是指通過檢查儀器，對冷庫內部的氣體含量進行檢測與調整，冷藏集裝箱內部的各種氣體的成分與設定的標準相一致。

在使用冷藏集裝箱租賃運輸的時候安全穩定性是非常重要的，由于冷藏集裝箱往往比較重，是人力所無法抬起的，所以在運羭的過程就需要在起重設備以及其他的運輸裝備上滿足要求。也正是因為它的重量，往往會導致運輸設備在重心上的不穩定，所以在邊邊角角上的防護包裝就十分必要，以此避免集裝箱受到刮擦，導致變形的情況。除了要冷藏集裝箱的平穩，而且對于人員來說在吊裝運的時候要遠離，不要站在下面，以防意外的發生。

冷藏集裝箱裝貨后應檢查冷藏或冷凍貨的原有質量，并在貨單上加以說明。在裝箱過程中，應嚴格裝貨堆碼原則，避免冷風短路造成降溫不平衡，降低制冷裝置的制冷效率。長距離運輸時，箱內設定溫度與實際溫度差不能過大。運送新鮮水果、蔬菜等，應及時打開通風口，進行通風換氣。

冷藏集裝箱也被人用來改做住人活動板房，因為穩定耐用、環保節能、組合靈敏、拆解便當，常用于工地上的工人暫時寓居運用在局部中央也能看到用于野外作業用房，這時候尤其要注意防火。而冷藏集裝箱的防火需做好以下幾個方面。一是增強集裝箱內人員管理，電源統一管理；二是嚴禁電線私拉亂接、運用大功率電器；三是集裝箱內的線路需停止套管處置；四是人走電斷，電器設備運用后需斷電四是增強工人消防平安認識。

冷藏集裝箱使用的主要特點：
1、冷藏集裝箱裝載容積利用率高，營運調度靈活，使用經濟性強。
2、冷藏集裝箱使用中可以整箱吊裝，裝卸，運輸費用相對較低。新型冷藏集裝箱結構和技術性能更合理，有廣泛的適用性。
3、冷藏集裝箱在一定條件下。可以當作活動式冷庫使用，以調節市場供應，給營銷者帶來良好的經濟效益。
4、冷藏集裝箱可用于多種交通運輸工具進行聯運，中間無需貨物換裝，而且貨物可不間斷地保持在所要求的低溫狀態。
5、對國內和國際間的“冷鏈”運輸，可以從產地到銷售點，實現“國到國”直達運輸，為各類食品的新鮮度，提供了佳貯運條件。

租賃冷藏集裝箱要仔細檢查以下這些：
1、外部檢查: ，檢查集裝箱表面是否有損壞，檢查集裝箱頂部是否有氣孔和其他損壞，對于修復部件，檢查時應特別注意檢查其狀態，是否有泄漏。
2、內部檢查：關閉箱門，檢查是否漏光，這樣就容易發現箱頂和箱壁周圍是否有氣孔，箱門是否能關緊。檢查時注意箱壁內襯板上的無水濕痕。
3、箱門檢查：要檢查以及箱門能否可以順利進行開啟、關閉、開啟時能否實現正常轉運至270°，關閉后是否密縫，還要通過檢查箱門把手動作發展是否能夠靈活，箱門能否得到完全鎖上。
4、附件檢查：檢查系環、孔、板式機架容器、開頂式容器上使用的天篷和索具、儲液罐、水管、通風管、通風口是否。
5、清潔狀態檢查：檢查容器是否無垃圾、異味、銹蝕，是否有污垢，是否濕潤。當有屬于植物檢疫物的小麥鱗片、昆蟲和其他殘留物時，完全清除它們。