為提高冷卻效果，整個冷凍集裝箱的箱壁、箱頂和箱底內部，都鋪有絕緣材料。冷凍集裝箱工作的溫度在－28℃＋26℃之間，根據貨種的需要，可自動調節。保溫集裝箱主要用于裝載水果、蔬菜等鮮貨，一般是用干冰等冷卻劑，防止箱內溫度過度上升，通常的保溫時間為72小時左右。

我們通常見到的20英尺、40英尺集裝箱叫干貨集裝箱(Dry Cargo Container)，也叫雜貨集裝箱，還有人稱其為貨柜。這種集裝箱用來運輸無需控制溫度的件雜貨，使用范圍很廣，常用的有20英尺和40英尺兩種，還有一種加高了的40英尺集裝箱也屬于干貨集裝箱。這種集裝箱結構特點是常為封閉式。一般在一端或側面設有箱門，箱內設有一定的加固貨物的裝置，這種箱子在使用時要求箱內清潔、不滲水、漏水。對裝入的貨物要求有適當的包裝，以便充分利用集裝箱的箱容。

冷藏集裝箱也稱冷藏柜，是以運輸冷凍食品為主，能保持所定低溫的保溫集裝箱。它是專為運輸魚蝦、肉類、新鮮水果、蔬菜等食品而特殊設計的。目前國際上采用的冷藏集裝箱基本上分兩種:一種是集裝箱內帶有冷凍機的叫機械式冷藏集裝箱;另一種箱內沒有冷凍機而只有隔熱設備，集裝箱的端壁上設有進氣孔和出氣孔，箱子裝在船艙中后，由船舶的冷凍裝置供應冷氣，叫做離合式冷藏集裝箱（又稱外置式冷藏集裝箱）。

集裝箱銹蝕過程中占主要比例的就是電化學腐蝕。因為化學腐蝕很好預防，防銹面漆就能起到很好的隔離作用。但是在二手貨柜出租的運輸過程中免不了剮蹭等原因引起的小面積漆膜破損，而在漆膜破損處的銹蝕過程是以電化學銹蝕為主導的，并且在銹斑生成后以電化學為主導的銹蝕過程是一個逐漸加速的過程。此時，面漆對箱體破損處的保護基本為零，因此在集裝箱的防銹蝕過程中對電化學銹蝕的預防則成為重中之重。

冷藏集裝箱本身是沒有凍結能力的。因此原則上在裝載冷凍或冷卻貨時，一般在裝箱前要求對貨物進行預冷，使貨物溫度降低到給定溫度以下，然后裝箱。故正確地說，是一種帶有制冷裝置的，能把具有一定溫度的貨物保持在該溫度下進行運輸的絕熱集裝箱。在集裝箱的海一陸聯運中，為了率地發揮冷藏作用，要求冷藏集裝箱在整個運輸過程中使制冷裝置能自動啟動，以使箱內溫度保持在溫度上。

冷藏集裝箱或冷藏箱是聯運集裝箱中使用的（運輸集裝箱）運輸貨物的運輸，其能夠制冷對溫度敏感，易腐貨物的運輸，如水果、蔬菜、肉類和其它類似的項目。配備這些“低溫”系統的全尺寸聯運集裝箱可以在海上運輸所需的30天內保持其溫度。由于它們不需要外部電源，因此低溫冷藏集裝箱(上海冷藏集裝箱租賃)可以存放在任何可以容納“干燥”（未冷藏）海運集裝箱的船只上的任何地方。