為了解決集裝箱進出口不平衡的問題，船公司通常要向出口大于進口的地區調撥大量空箱。由于空箱的調撥要增加大量調撥成本，船公司在空箱調撥進口至空箱裝貨出口的過程中更應加強集裝箱管理，避免超期箱的出現。在集裝箱運輸中空箱由進口到出口的整個流程可以歸結如下：
　冷藏集裝箱船舶進港→空箱卸船→碼頭堆存→集裝箱車隊拖箱→空箱進堆場→發貨人提箱→裝箱→重箱進港區→裝船。

機械式冷藏集裝箱也有一些缺點：如設備復雜、初始投資大、維修費用高；箱內溫度梯度要大于液氮冷藏集裝箱；箱內需設風機、風道系統，會增加箱內貨物的干耗、脫水。

冷藏集裝箱采用鍍鋅鋼結構，箱內壁、底板、頂板和門由金屬復合板、鋁板、不銹鋼板或聚酯制造。
國際上集裝箱尺寸和性能都已標準化。
使用溫度范圍為-20℃～12℃，更通用的范圍是-20～20℃

冷藏集裝箱可用于多種交通運輸工具進行聯運
可以從產地到銷售點，實現“國到國”直達運輸，
一定條件下，可以當作活動式冷庫使用

冷藏集裝箱的使用要求：
冷藏箱裝貨后應檢查冷藏或冷凍貨的原有質量，并在貨單上加以說明。
在裝箱過程中，應嚴格裝貨堆碼原則，避免冷風短路造成降溫不平衡，降冷裝置的制冷效率。

冷藏集裝箱運送凍結貨時通常使用溫度應不-18℃。通常英尺冷凍集裝箱，平均降溫速度為31.3℃ /h（空箱）；但裝貨后，由于貨物熱容量較大，降溫速度會大大減慢，有時達到設定溫度要求需要15-16h。若進貨溫度較高，則達到設定溫度需要2-3天。

冷藏集裝箱的水果的低設定溫度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷凍貨物通常被認為是“惰性(inert)”貨物，一般在-18℃（0°F）或更低溫度下運載。既然冷藏和冷凍貨物都是易腐爛的，就注意確保這類貨物以佳狀態交付。對于冷藏貨物，除了有限的幾種例外情況（比如肉，巧克力，膠片，化學物品，奶制品，人工氣調儲藏運輸貨物）外，其通風設備通常要保持開啟狀態。

隨著現代化集裝箱碼頭在世界各地的新建和集裝箱碼頭基礎設施和設備的不斷完善，門到門的冷藏集裝箱運輸為食品冷鏈運營提供廣闊的發展空間。因為滿載食品、水果或者果汁的冷藏集裝箱可以直接從農場、果園或者加工廠開到超級市場倉庫或者配送中心，而擁有自足或者電力供應系統的冷藏集裝箱本身也是冷藏食品的臨時倉庫，在遠洋貨輪、火車、駁船或者卡車上遠途運輸，尤其是現代化集裝箱船可以把大批水果冷藏箱從拉丁美洲，長途跋涉地運到遠東，中東、北美和歐洲等地區。

冷藏集裝箱優點：
1、冷藏集裝箱裝載容積利用率高，營運調度靈活，使用經濟性強。
2、冷藏集裝箱使用中可以整箱吊裝，裝卸，運輸費用相對較低。新型冷藏集裝箱結構和技術性能更合理，有廣泛的適用性。
3、冷藏集裝箱在一定條件下。可以當作活動式冷庫使用，以調節市場供應，給營銷者帶來良好的經濟效益。
4、冷藏集裝箱可用于多種交通運輸工具進行聯運，中間無需貨物換裝，而且貨物可不間斷地保持在所要求的低溫狀態。
5、對國內和國際間的“冷鏈”運輸，可以從產地到銷售點，實現“國到國”直達運輸，為各類食品的新鮮度，提供了佳貯運條件。