為了避免冷藏冷凍集裝箱內壁面產生凝結水，可采取如下措施：
1． 如果箱內濕度正常，則應設法提高隔熱壁的內部熱阻（減小K值），或設法減小內表面的對流熱阻，以提高內壁面的溫度t2，例如增加箱內空氣流速。
2． 如果箱內空氣濕度很大時，采用上述方法是無效的。這時，應該在內壁面增加防水層，以免水分滲入隔熱壁內部。
至于隔熱壁內部結露，主要是由于箱內外水蒸氣的壓力差和隔熱壁的滲透性造成的。由于隔熱壁兩側空氣溫度的不同，即使兩側空氣的濕度相等，溫度高的一側空氣的水蒸氣分壓力也比溫度低的一側大。這樣會產生水蒸氣分壓力差，此時水蒸氣將從水蒸氣分壓力高的一側通過隔熱壁向分壓力較低的一側滲透。

冷藏冷凍集裝箱除了貨物的設定值和送風、回風溫度外，溫度控制系統還會以錯誤代碼的形式提供有關系統問題的詳細信息。貨物溫度可通過美國農業部（USDA）探測儀記錄，安裝該探測儀是為了符合美國農業部針對水果的運輸的冷藏處理程序。托運人放置于所載貨物中的數據記錄儀也會記錄大體溫度。當冷藏裝置失靈時，溫度顯示和數據記錄將會展示一個逐漸穩定的溫度上升直至終達到周圍環境溫度值過程。再次強調，感應器只會記錄空氣溫度，而非貨物溫度。貨物將會受到周圍絕熱材料一定的保護，防止受到外部空氣溫度的影響。

冷凍集裝箱的基本結構
(1)冷凍集裝箱隔熱層：構成箱體的6個面均包含隔熱層，不論是預制的隔熱板或者是現場發泡的隔熱層，均要求有必定的強度，更重要的是它有必要具有適當的隔熱才能和更高的密封功用。為滿意以上要求，應當防止呈現貫穿整個隔熱層厚度的金屬件，即熱橋(heat bridge),并在鉚釘和任何接縫處采取相應的密封辦法。
(2)箱頂：冷藏冷凍集裝箱頂的面板有必要是整塊的，不允許在這里呈現任何拼縫，以防外界的雨水或海水滲進隔熱層乃至進入箱體。在箱頂處還要防止呈現豎向的接縫。
(3)箱底：為了使箱內各部位的溫度均衡，在箱底結構的頂面，有必要敷設鋁質“工”字型斷面的通風軌板。在箱底的各個角部應設有供排出箱內凝結水和其它水分的疏水器或橡膠閥嘴(kazzo)，當閥內積水到達其容積的1/3~1/2時，會自行敞開并排出積水。它具有逆止功用，只能出水，不能逆向流入空氣。
(4)側壁結構：側壁的面積很大，對冷藏冷凍集裝箱的全體隔熱會有影響。通常其外側板可由鋁合金(t=1mm~2mm)、不銹鋼薄板(t=0.8mm~1.2mm);內側板一般選用不銹鋼板(t=0.6mm~0.8mm)、鋁板(陽氧化處理t=0.8mm~2mm)，或玻璃鋼板(t=1.5mm~2mm);外界水分對箱壁隔熱夾層的入侵將是潛在的，隔熱壁板的水分滲入，將導致該板的泡沫中空度下降，添加其本身分量，終會大大削弱其隔熱功用。因此在任何一個接縫處和鉚釘的周圍都有必要墊以密封帶并精心打好密封膠。整個箱體的內壁襯板應當由帶豎向波形的不銹鋼板構成。該波形的豎向布局是從底部通分軌板的頂面開端，上至箱內裝貨高限停止，以利箱內的涼風循環。
(5)箱門結構：冷藏冷凍集裝箱對箱門的結構設計和工藝要求很高。一般來講，箱內氣體經過箱門的走漏量，至少占全體走漏量的50%以上。由于箱門的周邊加上中心接縫的總量較長，在此處需求留意門板和后斷框架的空隙，并考慮設置雙層密封膠條。其外層膠條的斷面能夠象干貨箱那樣，而內層膠條的斷面將愈加雜亂，它的要作用是在水密的基礎上進一步到達氣密的要求。