在冷藏集裝箱制冷裝置運行過程中，蒸發器盤管上會形成冰層，這取決于設定溫度、貨物溫度、通風裝置的新風量和貨物濕度。制冷裝置會定期進入除霜狀態，一系列電加熱裝置會產生熱量或向蒸發器盤管內吹入熱空氣。此時所有風扇將停止旋轉，以防止熱空氣進入貨艙。但是，由于回風溫度傳感器位于制冷機組附近，因此可能會記錄溫度升高。因此，除非經過數據記錄軟件處理，否則溫度記錄會顯示與除霜間隔一致的周期性溫升。如果除霜時間很短，每小時的溫度讀數和除霜時間可能會有一些差異。

冷藏集裝箱應當注意，溫度讀數的增加不會立即影響貨物的實際溫度，也不意味著制冷設備處于不穩定狀態。除了溫度，電子數據記錄通常還會顯示除霜間隔和持續時間。如果裝載溫度超過設定溫度，制冷裝置將開始自動將貨物的溫度降低到所需的溫度水平。如果貨物已經解凍，冷藏集裝箱的冰箱會試圖降低貨物的溫度，但會繼續頻繁解凍。
除了冷藏集裝箱貨物的設定值以及送風和回風的溫度之外，溫度控制系統還以錯誤代碼的形式提供有關系統問題的詳細信息。美國農業部檢測器可以記錄貨物的溫度，該檢測器的安裝符合美國農業部水果運輸的冷藏處理程序。托運人放置在貨物中的數據記錄器也將記錄一般溫度。當制冷裝置出現故障時，溫度顯示和數據記錄會顯示一個逐漸穩定升溫直至達到環境溫度值的過程。同樣，傳感器只記錄空氣溫度，不記錄貨物溫度。貨物將受到周圍隔熱材料的保護，以防止它們受到外部空氣溫度的影響。

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當使用冷藏集裝箱運輸冷凍貨物時，溫度不應-18℃。一般來說，腳部冷藏集裝箱的平均冷卻速度為31.3℃/h（空集裝箱）；然而，裝載后，由于貨物的熱容量較大，冷卻速度將大大降低，有時需要15-16h才能達到設定的溫度要求。如果輸入溫度高，需要2-3D才能達到設定溫度。
冷藏集裝箱內的升溫和降溫速度與集裝箱內裝載的貨物有關。當設定溫度范圍為-18℃±3℃時，應保持容器內溫度的穩定性。然而，當計算未冷卻時冰箱中的溫升時，可以使用以下經驗公式作為標準值
1） 冷卻貨物（無通風）0.0054*（TW TN）℃/小時
2） 冷凍貨物0.0067*（TW TN）℃/小時
其中TW和TN分別為外部溫度和箱內溫度。