冷藏集裝箱裝貨后應檢查冷藏或冷凍貨的原有質量，并在貨單上加以說明。在裝箱過程中，應嚴格裝貨堆碼原則，避免冷風短路造成降溫不平衡，降低制冷裝置的制冷效率。長距離運輸時，箱內設定溫度與實際溫度差不能過大。運送新鮮水果、蔬菜等，應及時打開通風口，進行通風換氣。

冷藏集裝箱租賃期間應進行檢驗，包括內外檢驗、箱門檢驗、清潔檢驗和配件檢驗。先，應檢查六個內外的損壞、變形、破損、漏水、漏光等情況，門、鎖是否完好，還應檢查是否有殘留物，是否、水痕、腐蝕氣味等。除此之外，還要檢查平臺容器的支腿、平臺容器、加強結構的容器頂部外延及其他附件是否完好。 1、外部檢查: 先，檢查集裝箱表面是否有損壞，檢查集裝箱頂部是否有氣孔和其他損壞，對于修復部件，檢查時應特別注意檢查其狀態，是否有泄漏。 2、內部檢查:關閉箱門，檢查是否漏光，這樣容易發現箱頂和箱壁周圍是否有氣孔，箱門是否能關緊。檢查時注意箱壁內襯板上的無水濕痕。 3、箱門檢查：要檢查以及箱門能否可以順利進行開啟、關閉、開啟時能否實現正常轉運至270°，關閉后是否密縫，還要通過檢查箱門把手動作發展是否能夠靈活，箱門能否得到完全鎖上。 4、附件檢查：檢查系環、孔、板式機架容器、開頂式容器上使用的天篷和索具、儲液罐、水管、通風管、通風口是否。 5、清潔狀態檢查：檢查容器是否無垃圾、異味、銹蝕，是否有污垢，是否濕潤。當有屬于植物檢疫物的小麥鱗片、昆蟲和其他殘留物時，完全它們。

冷藏集裝箱在制冷過程中經常會出現一些故障，導致這些故障的原因很多。常見的幾種故障及判定方法如下：　　　 　　1、打開電源開關，如果制冷系統不工作，先應檢查電源轉換開關是否在你選擇的電壓上，電源插座是否插好，保險絲是否損壞； 　　2、打開電源開關，制冷機各系統工作，但是不制冷。這種情況下一般是沒有制冷劑了； 　　3、開機后，制冷機工作幾分鐘自動停機，幾分鐘之后又自動開機，這種情況下多是缺少制冷劑。如果開機后20分鐘以后，通過制冷劑顯示鏡可見氣泡，即屬于缺少制冷劑。如果，夏天出現自動停機情況，若不是缺少制冷劑，那么是冷凝器灰塵太多，或者是由于制冷劑過多造成的。 　　4、制冷機正在工作，電腦不能儲存實際溫度，一般是制冷機的溫度感應器或電腦系統壞了。 　　5、冷凍集裝箱各系統工作正常，制冷狀況也正常，但是，反映在溫度記錄紙表盤上的溫度波動范圍太大。原因可能是：通氣口沒關閉、冷藏集裝箱門沒有關嚴、或者是冷藏集裝箱局部破損，導致箱內冷氣泄漏。 　　6、一般來說，冷藏箱的融霜周期是在制冷前設定的，在制冷過程中融霜的規律性很強。如果在執行融霜的時候出現持續融霜時間過長，則表明融霜控制開關壞了。如果融霜在制冷機工作期間終止，則表明加熱器壞了。 　　7、冷藏集裝箱正運行的時候，如果發現設定的溫度與人工在箱內實測溫度相同，而冷藏箱溫度記錄表盤顯示的溫度與前者相差過大，這表明溫度感溫探頭壞了。