通常，冷藏貨物可以分成兩種：冷藏和冷凍
許多冷藏貨物（例如水果）被視為是“活性（live）”貨物，因為其在采摘過后仍然能夠進行呼吸并且由于自熱、早熟、干燥（萎蔫和枯萎）和其他條件而容易腐爛。然而，其它商品比如冷藏肉/魚類和奶酪則并非如此。水果的低設定溫度通常不低于-1.1℃（30°F）。相反，冷凍貨物通常被認為是“惰性(inert)”貨物，一般在-18℃（0°F）或更低溫度下運載。既然冷藏和冷凍貨物都是易腐爛的，就注意確保這類貨物以佳狀態交付。對于冷藏貨物，除了有限的幾種例外情況（比如肉，巧克力，膠片，化學物品，奶制品，人工氣調儲藏運輸貨物）外，其通風設備通常要保持開啟狀態。一些貨物可能要求濕度控制或者大量的新鮮空氣（比如球莖花卉）。應當注意大多數冷凍裝置僅能夠減少濕度，并且這取決于所提供的新鮮空氣的數量。人工氣調儲藏運輸的貨物需要使用能夠利用氮和二氧化碳替代氧氣水平的用途的集裝箱，來延長已采摘的產品的保質期。這種方法適用于許多有核和無核水果，但要求具備的知識來確定適宜的氣體濃度水平。

冷藏集裝箱的貨物檢查，在裝箱之前應對冷藏水果和蔬菜的溫度以及冷凍貨物的中心溫度進行檢測。還應檢查水果和蔬菜是否存在比如發霉、枯萎、脫水、萎蔫、褪色、軟點、破皮和脫皮、擦傷、凍傷和發臭等冷藏前的損壞。對于冷凍貨物還應檢查其是否有脫水、干燥、移位、發臭、黑斑和顏色改變，以及是否有因溫度升高解凍后又重新冷凍的跡象。還應檢查紙箱、托盤和其他包裝物狀況是否良好，是否能夠在整個海運過程中保護貨物狀況。

冷藏集裝箱根據制冷方式分類
(1)外置式冷藏集裝箱。無制冷裝置，箱體隔熱結構良好，箱端處有軟管連接器，可與船上或陸上冷凍站的制冷裝置連接，供給箱體冷源。
(2)內藏式冷藏集裝箱。箱體設有制冷裝置，由船上或陸上電源供電，或自備發電機供制冷裝置運行使用，以向集裝箱供冷。
(3)冷凍板冷藏集裝箱。利用冷凍板低溫共晶溶液進行蓄冷并向集裝箱提供冷源。
(4)液氮或干冰冷藏集裝箱。利用液氮噴淋或干冰向集裝箱提供冷源。
(5)氣調冷藏集裝箱。利用控制集裝箱內空氣中的氧、二氧化碳和乙烯等氣體的濃度，抑制果蔬的呼吸和催熟作用，并把向內溫度降至所需貯藏溫度的一種特種冷藏集裝箱。

冷藏集裝箱出租是指集裝箱增加了冷藏功能后對外出租的一種方式，早期很多食品兩地運輸的距離過長，路上花的時間過久導致變質損壞，慢慢的人們在集裝箱里面增加了冷藏功能，這是冷藏集裝箱的來源。現在陸運或者海運冷藏集裝箱的使用率都很高，已經變成了一種通用的運送工具。

人們常用二手冷藏集裝箱運輸和保存易腐蝕貨物（蛋白質制品或新鮮水果和蔬菜）。在日常使用中，很多人稱它為“凍柜”，誤認為它跟家用冰箱一樣，可以在短時間內完全冷凍貨物并長時間保持。實際上，這種認知是錯誤的，只對了其中一半。

二手冷藏集裝箱的冷藏制冷能力有限，主要用于保持貨物溫度。也是說，人們把-20℃的貨物裝進去，它能保持貨物在-20℃，地運送到目的地；人們把5℃的貨物裝進去，它能保持貨物在5℃下地運送到目的地。如果把常溫下（20℃）的貨物，直接裝箱并要求它冷凍到-20℃，將無法實現。因此，貨物在裝入二手冷藏集裝箱之前需先降溫到溫度。