由于總面積是一定的，而許多第三方物流企業在建造自動化立體倉庫時只重視辦公、實驗(包括研發)的面積，卻忽視了庫房面積，因此造成了這種局面，即為了滿足庫容量的需要，只好通過向空間發展來達到要求。但是貨架越高，機械設備的采購成本和運行成本也就越高。除此之外，由于自動化立體倉庫內優的物流路線是直線形的，但在倉庫設計時往往會受到平面面積的限制，造成本身物流路線的迂回(往往是s形，甚至是網狀)，這會增加許多不必要的投入和麻煩。

自動化立體倉庫的上游、下游及其內部各子系統的協調，有一個木桶效應的問題，即短的那一塊木板決定了木桶的容量。有的倉庫采用了很多的高科技產品，各種設施設備也非常，但是由于各子系統間協調性、兼容性不好，造成整體運作能力比預期差很多。

作為物流中心的重要組成部分，自動化立體倉庫（Automatic Storage & Retrieval System）直接影響到企業制定的戰略和計劃、指揮和調整企業的行動。這里，簡單談一下它的設計步驟，一般分為以下幾步：
一、收集、研究用戶的原始資料，明確用戶所要達到的目標，這些原始資料包括：
1、明確自動化立體倉庫與上游、下游銜接的工藝過程，
2、物流要求：上游進入倉庫的大入庫量、向下游轉運的大出庫量以及所要求的庫容量；
3、物料的規格參數：物料的品種數、物料包裝形式、外包裝尺寸、重量、保存方式及其它物料的其它特性；
4、立體倉庫的現場條件及環境要求；
5、用戶對倉庫管理系統的功能要求；
6、其它相關的資料及特殊要求。

堆垛機
堆垛機是整個自動化立體倉庫的核心設備，通過手動操作、半自動操作或全自動操作實現把貨物從一處搬運到另一處。它由機架（上橫梁、下橫梁、立柱）、水平行走機構、提升機構、載貨臺、貨叉及電氣控制系統構成。
①堆垛機形式的確定：堆垛機形式多種多樣，包括單軌巷道式堆垛機、雙軌巷道式堆垛機、轉巷道式堆株機、單立柱堆垛機、雙立柱堆垛機等等。
②堆垛機速度的確定：根據倉庫的流量要求，計算出堆垛機的水平速度、提升速度及貨叉速度。
③其它參數及配置：據倉庫現場情況及用戶的要求選定堆垛機的定位方式、通訊方式等。堆垛機的配置可高可低，視具體情況而定。

自動化立體倉庫可以形成的生產鏈，促進了生產力的進步。人士指出，由于自動化立體倉庫的存取，因此可以有效地連接倉庫外地生產環節，可以在存儲中形成自動化的物流系統，從而形成有計劃有編排的生產鏈，使生產能力得到了大幅度的提升。
板材立體倉庫的優點包括提高空間利用率、降低勞動強度、提高管理效率等。這種倉庫能夠將原本分散、混亂的板材存儲變得有序、，同時能夠降低人力成本，提高生產效率。