在使用冷凍集裝箱的時候如果是長距離運輸，那么箱內的溫度差不能超過3度，這樣才可以箱內的溫度保持在一個恒溫的狀態。如果是運輸新鮮的水果或者是蔬菜，那么要及時打開新風口，可以進行通氣。

冷凍集裝箱的基本結構
(1)冷凍集裝箱隔熱層：構成箱體的6個面均包含隔熱層，不論是預制的隔熱板或者是現場發泡的隔熱層，均要求有必定的強度，更重要的是它有必要具有適當的隔熱才能和更高的密封功用。為滿意以上要求，應當防止呈現貫穿整個隔熱層厚度的金屬件，即熱橋(heat bridge),并在鉚釘和任何接縫處采取相應的密封辦法。
(2)箱頂：冷凍集裝箱頂的面板有必要是整塊的，不允許在這里呈現任何拼縫，以防外界的雨水或海水滲進隔熱層乃至進入箱體。在箱頂處還要防止呈現豎向的接縫。
(3)箱底：為了使箱內各部位的溫度均衡，在箱底結構的頂面，有必要敷設鋁質“工”字型斷面的通風軌板。在箱底的各個角部應設有供排出箱內凝結水和其它水分的疏水器或橡膠閥嘴(kazzo)，當閥內積水到達其容積的1/3~1/2時，會自行敞開并排出積水。它具有逆止功用，只能出水，不能逆向流入空氣。
(4)側壁結構：側壁的面積很大，對冷凍集裝箱的全體隔熱會有影響。通常其外側板可由鋁合金(t=1mm~2mm)、不銹鋼薄板(t=0.8mm~1.2mm);內側板一般選用不銹鋼板(t=0.6mm~0.8mm)、鋁板(陽氧化處理t=0.8mm~2mm)，或玻璃鋼板(t=1.5mm~2mm);外界水分對箱壁隔熱夾層的入侵將是潛在的，隔熱壁板的水分滲入，將導致該板的泡沫中空度下降，添加其本身分量，終會大大削弱其隔熱功用。因此在任何一個接縫處和鉚釘的周圍都有必要墊以密封帶并精心打好密封膠。整個箱體的內壁襯板應當由帶豎向波形的不銹鋼板構成。該波形的豎向布局是從底部通分軌板的頂面開端，上至箱內裝貨高限停止，以利箱內的涼風循環。
(5)箱門結構：冷凍集裝箱對箱門的結構設計和工藝要求很高。一般來講，箱內氣體經過箱門的走漏量，至少占全體走漏量的50%以上。由于箱門的周邊加上中心接縫的總量較長，在此處需求留意門板和后斷框架的空隙，并考慮設置雙層密封膠條。其外層膠條的斷面能夠象干貨箱那樣，而內層膠條的斷面將愈加雜亂，它的要作用是在水密的基礎上進一步到達氣密的要求。

關于冷凍集裝箱預冷：
（1）一般情況冷凍集裝箱不應預冷，因為預冷過的冷凍集裝箱一打開門，外界熱空氣進入冷凍集裝箱遇冷將產生水汽凝結，水滴會損壞貨物外包裝和標簽，在蒸發器表面凝結的水滴影響制冷量。但在冷庫的溫度與冷凍集裝箱內溫度一致，并采用“冷風通道”裝貨時，可以預冷集裝箱。
(2)預檢測試(PTI)：每個冷凍集裝箱在交付使用前應對箱體、制冷系統等進行檢查，冷凍集裝箱清潔、無損壞、制冷系統處于理想狀態。經檢查合格的冷箱應貼有檢查合格標簽。