為了解決集裝箱進出口不平衡的問題，船公司通常要向出口大于進口的地區調撥大量空箱。由于空箱的調撥要增加大量調撥成本，船公司在空箱調撥進口至空箱裝貨出口的過程中更應加強集裝箱管理，避免超期箱的出現。在集裝箱運輸中空箱由進口到出口的整個流程可以歸結如下：
　冷藏集裝箱船舶進港→空箱卸船→碼頭堆存→集裝箱車隊拖箱→空箱進堆場→發貨人提箱→裝箱→重箱進港區→裝船。

冷藏集裝箱裝箱前準備工作：根據不同易腐貨物應確認下述事項：理想溫度設定;新鮮空氣換氣量設定;相對濕度設定;運輸總時間;貨物體積;采用的包裝材料和包裝尺寸;所需的文件和單證等。
裝箱前及裝貨時應注意：設定的溫度應正確;設定的新鮮空氣換氣量應正確;設定的相對濕度應正確;裝箱時制冷系統應停止工作;箱內堆裝的貨物應低于紅色裝載線和不超出T型槽的垂直面;箱內堆裝的貨物應牢固、穩妥;箱內堆裝貨物的總重量應不超過冷箱允許載重量;冷藏集裝箱裝貨后總重量(包括附屬設備的重量)在運輸途中不應超過任一途經國的限重。

冷藏集裝箱除了貨物的設定值和送風、回風溫度外，溫度控制系統還會以錯誤代碼的形式提供有關系統問題的詳細信息。貨物溫度可通過美國農業部（USDA）探測儀記錄，安裝該探測儀是為了符合美國農業部針對水果的運輸的冷藏處理程序。托運人放置于所載貨物中的數據記錄儀也會記錄大體溫度。當冷藏裝置失靈時，溫度顯示和數據記錄將會展示一個逐漸穩定的溫度上升直至終達到周圍環境溫度值過程。再次強調，感應器只會記錄空氣溫度，而非貨物溫度。貨物將會受到周圍絕熱材料一定的保護，防止受到外部空氣溫度的影響。

冷藏集裝箱的貨物檢查，在裝箱之前應對冷藏水果和蔬菜的溫度以及冷凍貨物的中心溫度進行檢測。還應檢查水果和蔬菜是否存在比如發霉、枯萎、脫水、萎蔫、褪色、軟點、破皮和脫皮、擦傷、凍傷和發臭等冷藏前的損壞。對于冷凍貨物還應檢查其是否有脫水、干燥、移位、發臭、黑斑和顏色改變，以及是否有因溫度升高解凍后又重新冷凍的跡象。還應檢查紙箱、托盤和其他包裝物狀況是否良好，是否能夠在整個海運過程中保護貨物狀況。

冷藏集裝箱溫度記錄：
數據記錄儀監測冷藏貨艙的送風和回風溫度，該數據存在電子存儲器中。該存儲器也記錄預檢結果和報警情況，以及一系列與控制器和電力裝置的數據交流情況。這些數據可直接下載到電腦中，進而可進行打印，存儲或者作為郵件附件形式發出。如果數據記錄儀能夠記錄“開始行程”信息，該信息應當包括貨物的來源地及其目的地。同時應檢查確認其日期和時間信息是否準確。

需要注意的是，冷藏集裝箱租賃服務的價格通常會根據租期、租用數量和租賃公司的不同而有所差異。在選擇租賃公司時，客戶應該考慮租賃公司的信譽和服務質量，以確保貨物的安全和穩定運輸。