硫酸軟骨素存在于從線蟲到人除植物外的所有生物中，發揮著許多重要的生理功能。雖然多糖的主鏈結構并不復雜，但就硫酸化程度、硫酸基和兩種差異向異構糖醛酸再鏈內的分布來說，呈現高度的不均一性。硫酸軟骨素的精細結構決定著功能的特異性和與多種蛋白質分子的相互作用。

化學性質
CS在酸性、堿性及酶解條件下生成的不飽和糖，包括低分子CS和CS的寡糖或雙糖均與β-消除反應有關。

CS在酸性、堿性和和中性條件下的降解程度以232nm處的紫外吸光度值表示，紫外吸光度值越大表示講解程度越大，從而反映出CS在不同條件下的穩定性。

硫酸軟骨素對角膜膠原纖維具有保護作用，能促進基質中纖維的增長，增強通透性，改善血液循環，加速新陳代謝，促進滲透液的吸收及炎癥的消除；其聚陰離子具有強的保水性，能改善*組織的水分代謝，對角膜有較強的親和力，能在角膜表面形成一層透氣保水膜，改善眼部干燥癥狀。通過促進基質的生成，為細胞的遷移提供構架，有利于角膜上皮細胞的遷移，從而促進角膜創傷的愈合，滲出液的吸收及炎癥的消除。

可以作為保健品、食品中的添加劑，具有增強人體體質及抗病菌、美容、抗衰老等作用。改善聽力和肌膚干燥。在體內可抑制小腸對脂質和葡萄糖的吸收以達到*作用。
CS廣泛存在于人和動物軟骨組織中。其藥用制劑主要含有硫酸軟骨素A和硫酸軟骨素C兩種異構體，不同品種、年齡等動物的軟骨中硫酸軟骨素的含量不同。其藥理作用表現為：

1、CS可以清除體內血液中的脂質和脂蛋白，清除心臟周圍血管的膽固醇，防治動脈粥樣硬化，并增加脂質和脂肪酸在細胞內的轉換率。

2、CS能有效地防治冠心病。對實驗性動脈硬化模型具有*及抗致粥樣斑塊形成作用；增加動脈粥樣硬化的冠狀動脈分技或側支循環，并能加速實驗性冠狀動脈硬化或栓塞所引起的心肌壞死或變性的愈合、再生和修復。

3、 能增加細胞的信使核糖核酸(mRNA)和脫氧核糖核酸(DNA)的生物合成以及具有促進細胞代謝的作用。

4 、抗凝血活性低。硫酸軟骨素具有緩和的抗凝血作用，每lmg硫酸軟骨素A相當于0.45U肝素的抗凝活性。這種抗凝活性并不依賴于抗凝血酶III而發揮作用，它可以通過纖維蛋白原系統而發揮抗凝血活性。

5 、硫酸軟骨素還具有，加速傷口愈合和抗腫瘤等方面的作用。
1、在醫學上主要的應用途徑是作為治療關節疾病的藥品，與氨基葡萄糖配合使用，具有止痛，促進軟骨再生的功效，可以從根本改善關節問題。提供墊襯作用，緩和行動時的沖擊和摩擦，能將水分吸入蛋白多糖分子內，使軟骨變厚，并增加關節內的滑液量。軟骨素的重要功能之一就是作為輸送管道，把重要的氧供和營養素輸送至關節，幫助清除關節內的廢物，同時把二氧化碳和廢物加以排除。由于關節軟骨并無血液供應，因此所有的充氧、滋養及潤滑作用皆來自滑液。
2、硫酸軟骨素對角膜膠原纖維具有保護作用，能促進基質中纖維的增長，增強通透性，改善血液循環，加速新陳代謝，促進滲透液的吸收及炎癥的消除；其聚陰離子具有強的保水性，能改善*組織的水分代謝，對角膜有較強的親和力，能在角膜表面形成一層透氣保水膜，改善眼部干燥癥狀。通過促進基質的生成，為細胞的遷移提供構架，有利于角膜上皮細胞的遷移，從而促進角膜創傷的愈合，滲出液的吸收及炎癥的消除。
3、通過高科技深加工，可以治療神經性頭疼、三叉神經痛、冠心病、心絞痛、心肌缺氧、心腦血管疾病、關節痛、動脈粥樣硬化及肝炎等癥，其中CS還具有抗凝和*形成的作用，也可用于因鏈霉素引起的聽覺障礙和*功能受損的輔助治療以及高血脂的輔助治療。
4、可以作為保健品、食品中的添加劑，具有增強人體體質及抗病菌、美容、抗衰老等作用。改善聽力和肌膚干燥。在體內可抑制小腸對脂質和葡萄糖的吸收以達到*作用。