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硫酸軟骨素存在于從線蟲到人除植物外的所有生物中，發揮著許多重要的生理功能。雖然多糖的主鏈結構并不復雜，但就硫酸化程度、硫酸基和兩種差異向異構糖醛酸再鏈內的分布來說，呈現高度的不均一性。硫酸軟骨素的精細結構決定著功能的特異性和與多種蛋白質分子的相互作用。
、在醫學上主要的應用途徑是作為治療關節疾病的藥品，與氨基葡萄糖配合使用，具有止痛，促進軟骨再生的功效，可以從根本改善關節問題。
提供墊襯作用，緩和行動時的沖擊和摩擦，能將水分吸入蛋白多糖分子內，使軟骨變厚，并增加關節內的滑液量。軟骨素的重要功能之一就是作為輸送管道，把重要的氧供和營養素輸送至關節，幫助清除關節內的廢物，同時把二氧化碳和廢物加以排除。由于關節軟骨并無血液供應，因此所有的充氧、滋養及潤滑作用皆來自滑液。
通過高科技深加工，可以治療神經性頭疼、三叉神經痛、冠心病、心絞痛、心肌缺氧、心腦血管疾病、關節痛、動脈粥樣硬化及肝炎等癥，其中CS還具有抗凝和*形成的作用，也可用于因鏈霉素引起的聽覺障礙和*功能受損的輔助治療以及高血脂的輔助治療。
