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廢水處理:廢水主要來自各種口腔門診和計測儀器儀表中使用的汞。 危害，進入水體后可轉化為有機汞，并通過食物鏈的富集濃縮。 廢水處理方法包括鐵屑還原法、化學沉淀法、活性炭吸附法和離子交換法。
醫院污水處理主要是消毒，即殺滅病原體。常用的方法是氯化消毒或用臭氧消毒(見水的消毒、廢水氧化處理法)。
醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，單消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。
地埋式一體化醫院污水處理設備是以A/O生化工藝為主，集生物降解污水沉降、氧化消毒等工藝于一體，去除BOD5、COD、NH3-N、大腸桿菌菌群等污水處理設備。設備結構緊湊、占地少，全部設置于地下，運行經濟，抗沖擊濃度能力強，處理，管理維修方便，經用戶使用，設備的各項性能均達到相關標準。
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