一般情況下實際污水中常含有多種污染物質(zhì)，僅采用單一的處理方法往往無法達到預期的效果。為了以較低的處理成本獲取較理想的處理效果，往往需要根據(jù)污水的水質(zhì)、水量、處理程度、回收有用物質(zhì)的可能性以及資金場地條件等多種因素，將數(shù)種處理技術(shù)方法按一定的主次關(guān)系和前后順序進行合理組合，形成一個完整的凈化處理系統(tǒng)。

污水經(jīng)格柵進入調(diào)節(jié)池后經(jīng)提升泵進入生物反應器，通過PLC控制器開啟曝氣機充氧，生物反應器出水經(jīng)循環(huán)泵進入膜分離處理單元，濃水返回調(diào)節(jié)池，膜分離的水經(jīng)過快速混合法氯化消毒（次氯酸鈉、漂白粉、氯片）后，進入中水貯水池。反沖洗泵利用清洗池中處理水對膜處理設備進行反沖洗，反沖污水返回調(diào)節(jié)池。通過生物反應器內(nèi)的水位控制提升泵的啟閉。膜單元的過濾操作與反沖洗操作可自動或手動控制。當膜單元需要化學清洗操作時，關(guān)閉進水閥和污水循環(huán)閥，打開藥洗閥和藥劑循環(huán)閥，啟動藥液循環(huán)泵，進行化學清洗操作。

一種具有代表性的SBR工藝流程是： 通過格柵預處理的廢水，進入集水井，由潛污泵提升進入SBR反應池，采用水流曝氣機充氧，處理后的水由排水管排出，剩余污泥靜壓后，由SBR 池排入污泥井，污泥作為肥料。
分批式操作： 時間分割的操作方式替代空間分割的操作方式，如SBR運行周期由進水時間、反應時間、沉淀時間、潷水時間、排泥時間和閑置時間，可以適當靈活調(diào)節(jié)。

根據(jù)醫(yī)院性質(zhì)、規(guī)模和技術(shù)經(jīng)濟條件選擇消毒劑的種類。一般大中型醫(yī)院推薦使用液氯消毒工藝。在人口稠密的地方可采用次氯酸鈉消毒工藝。有條件的傳染病醫(yī)院可采用臭氧消毒工藝、小型醫(yī)院可采用氯片消毒工藝。四、放射性廢水、重金屬廢水及其他特殊廢水應分別采取相應的處理工藝，如放射性廢水采舊衰變貯存池處理，重金屬廢水可采用化學法或離子交換法處理。
醫(yī)院污水處理系統(tǒng)除了包括含菌污水的處理和消毒外，對其他各種特除排水根據(jù)需要還應單處理，如含有重金屬的廢水，放射性廢水、含油廢水和洗印廢水等。重金屬廢水來自牙科治療和化驗室，含有汞，鉻等有害污染物，可用化學沉淀法或離子交換法處理。放射性廢水來自同位素治療和診斷。低濃度放射性廢水采用衰變池處理，或用化學共沉淀法、離子交換法處理。含油廢水來自廚房食堂，一般采用隔油池處理。洗印廢水來自照片洗印，含有銀、顯影劑、定影劑等有害物質(zhì)、含銀廢水可采用電解法回收銀，顯影劑可用化學氧化法處理。
醫(yī)院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能(高溫堆肥)，有的地區(qū)可以用太陽能。或者用焚燒法處理(見污泥焚燒)?；瘜W藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果好。