二氧化氯法：二氧化氯(ClO2)是一種強氧化劑，它在水中的溶解度是氯的5倍，其氧化能力是氯氣的215倍左右。它可以殺滅一切微生物，同時有效破壞水中的微量有機污染物，很好地氧化水中一些還原狀態的金屬離子。其大的優點在于與腐殖質及有機物反應幾乎不產散性有機鹵化物，不生成并抑制生成有致癌作用的三鹵甲烷，也不與氨及氨基化合物反應，因此非常適合用于醫院污水處理。

中國水資源人均占有量少，空間分布不平衡。隨著中國城市化、工業化的加速，水資源的需求缺口也日益增大。在這樣的背景下，污水處理行業成為新興產業，與自來水生產、供水、排水、中水回用行業處于同等重要地位。 雖然由于國家和各級對環境保護重視程度的不斷提高，中國污水處理行業正在快速增長，污水處理總量逐年增加，城鎮污水處理率不斷提高。但中國污水處理行業仍處于發展的初級階段。 一方面，中國的污水處理能力尚跟不上用水規模的迅速擴張，管網、污泥處理等配套設施建設嚴重滯后。另一方面，中國的污水處理率與發達國家相比，還存在著明顯的差距，且處理設施的負荷率低。

醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理（見污泥焚燒）。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。

對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。 醫用污水處理的強化處理一般采用混凝沉淀、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導致二次污染。所以醫用污水中一般采用混凝沉淀工藝。
簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區、厭氧濾池和沉淀過濾區。三區的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質，進一步去除和降解有機污染物，后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機污染物，出水質量。所產生沼氣根據氣量大小作不同的處理，當1m3污泥制取沼氣達15m3以上時，收集利用；當1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進行固體有機物降解。沼氣凈化池的處理效率優于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。 作為對于邊遠山區、經濟欠發達地區醫用處理的過渡措施，逐步實現二級處理或加強處理效果的處理。
根據國家環保總局的有關規定（國家環保總局.醫院污水處理技術指南.2003.12（環發（2003）197號 ），將各類醫院按性質分為綜合醫院和傳染病醫院兩類，與衛生系統對醫院及醫療機構的劃分方法有差別。其中傳染病醫院指傳染性疾病專科醫院和帶傳染病房的綜合醫院，綜合醫院為不帶傳染病房的綜合醫院和各類非傳染性疾病的專科醫院。醫院污水凈化包括綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫院和專科醫院（傳染病醫院（包括結核病院）、心血管病醫院、腫瘤醫院、口腔醫院、婦產科醫院和精神病醫院等等）各類醫院污水的處理，同時也包括療養院、康復醫院等其它醫療機構和獸醫院的污水處理工程。