醫院污水主要來自診療室，病房，化驗室，手術室，洗衣房，行政管理部門以及食堂，宿舍等排放的污水，主要污染物為有機污染物，病原微生物及病毒。醫院污水現在只經格柵除渣及消毒后處理既排放，采用二氧化氯消毒劑，余氯和細菌學指標能達標，但有機物未被去除。為了全面達標，醫院增加了曝氣生物濾池污水處理工藝處理污水。考慮到該醫院污水處理廠占地有限以及水中含有一定量消毒劑的特點，決定采取負荷高，占地少，對進水有機物濃度范圍適應性錢的曝氣生物濾池工藝。

醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理（見污泥焚燒）。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。

醫用污水處理的原則是：分質分流，局部分隔治理，把污染就近消滅在污染源。主要處理方法為沉淀與消毒。我國常用的消毒劑為液氯，近年來，為了提高消毒效率及不產生二次污染多趨向采用臭氧化法消毒，消毒處理后均可達到排放標準。處理過程中產生的污泥常采用石灰消毒法及高溫堆肥法進行處理。

對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。 醫用污水處理的強化處理一般采用混凝沉淀、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導致二次污染。所以醫用污水中一般采用混凝沉淀工藝。

傳染病醫院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調節池，病人的糞便應先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理（如虛線所示）。各構筑物須在密閉的環境中運行，通過統一的通風系統進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統 好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。 適用于傳染病醫院(包括帶傳染病房的綜合醫院)和排入自然水體的綜合醫院處理。

根據醫院的規模、性質和處理污水排放去向，進行工藝選擇。主要采用的工藝有三種：加強處理效果的處理、二級處理和簡易生化處理。醫院污水處理一般采取工程設計、建設及驗收的操作與管理辦法，其處理設施需經過一定時間的試運行，處理效果才能達到預期目的。化學法治理需經一個月的試運行，二級生化法處理需經三個月以上的試運行。因此，小型綜合醫院（主要包括城市衛生服務社區、鄉鎮衛生院）亟需尋求一種資金投入較少、建設周期較短、安全穩妥達標的技術方案（設備）。