一般情況下實際污水中常含有多種污染物質，僅采用單一的處理方法往往無法達到預期的效果。為了以較低的處理成本獲取較理想的處理效果，往往需要根據污水的水質、水量、處理程度、回收有用物質的可能性以及資金場地條件等多種因素，將數種處理技術方法按一定的主次關系和前后順序進行合理組合，形成一個完整的凈化處理系統。

根據醫院性質、規模和技術經濟條件選擇消毒劑的種類。一般大中型醫院推薦使用液氯消毒工藝。在人口稠密的地方可采用次氯酸鈉消毒工藝。有條件的傳染病醫院可采用臭氧消毒工藝、小型醫院可采用氯片消毒工藝。四、放射性廢水、重金屬廢水及其他特殊廢水應分別采取相應的處理工藝，如放射性廢水采舊衰變貯存池處理，重金屬廢水可采用化學法或離子交換法處理。
醫院污水處理流程選擇是醫院污水處理設計的關鍵，流程是否合理將直接影響處理效果、工程投資、運行費用以及管理安全等問題。根據醫院污水排出口的標高和所接入的城市下水道的標高之差，確定是采用自排式還是提升式的消毒工藝。高差大于600mm即可以采用虹吸定比自排式消毒工藝，高差較小時可采用超聲波自動定比投氯消毒工藝或提升式定比投氯消毒工藝。
醫院廢水處理設備采用國際的生物處理工藝，在總結國內外生活廢水處理裝置的運行經驗的基礎上，結合自己的科研成果和工程實踐，設計出一種可地埋設置的成套有機廢水處理裝置，集去除BOD5、COD、NH3-N于一身，具有技術性能穩定可靠、處理效果好、投資省、自動化運行、維護操作方便、不占地表面積、不需蓋房、不需采暖保溫等優點。地面之上可種花種草，不影響周圍環境。
新標準對醫院產生的污水、廢氣和污泥進行了全面控制，在強調對含病原體污水的消毒效果的同時，兼顧生態環境安全。在生物指標上，新標準對排入下水道與排入水體的醫院污水提出不同要求。新標準嚴格區分醫院性質，同時根據污水去向分為兩個等級，并在原有標準基礎上提出嚴格的控制各級指標。新標準考慮了消毒效果和生態安全性問題，針對不同性質醫院及污水去向對消毒時間和余氯量均作了明確規定，嚴格了余氯標準的上限。在理化指標方面，對排入地表水體的醫院污水和傳染病醫院污水的COD、BOD5、SS、動植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標都在原有標準基礎上進行了嚴格的控制，以增強污水處理系統的抗風險性。考慮氨氮也消耗消毒劑，對氨氮也提出了嚴格的要求。
污水處理設備，是一種能有效處理城區的生活污水，工業廢水等的工業設備，避免污水及污染物直接流入水域，對改善生態環境、提升城市品位和促進經濟發展具有重要意義。 地埋式污水處理設備適宜住宅小區、醫院療養院、辦公樓、商場、賓館、飯店、機關、學校、、 水產加工廠、牲蓄加工廠、乳品加工廠等生活污水和與之類似的工業有機廢水，如紡織、啤酒、造紙、制革、食品、化工等行業的有機污水處理，主要目的是將生活污水和與之相類似的工業有機廢水處理后達到回用水質要求，使廢水處理后資源化利用。