醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理（見污泥焚燒）。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。

對于綜合醫院(不帶傳染病房)污水處理可采用“預處理→強化處理→消毒”的工藝。通過混凝沉淀(過濾)去除攜帶病毒、病菌的顆粒物，提高消毒效果并降低消毒劑的用量，從而避免消毒劑用量過大對環境產生的不良影響。 醫用污水處理的強化處理一般采用混凝沉淀、過濾、氣浮等工藝。過濾的固液分離方式需要反沖，操作管理較為復雜，而氣浮工藝中氣體釋放易導致二次污染。所以醫用污水中一般采用混凝沉淀工藝。

簡易生化處理工藝的流程為“沼氣凈化池→消毒”。沼氣凈化池分為固液分離區、厭氧濾池和沉淀過濾區。三區的主要功能分別為去除懸浮固體，吸附膠體和溶解性物質，進一步去除和降解有機污染物，后通過沉淀和過濾單元去除剩余懸浮物和降解有機污染物，出水質量。所產生沼氣根據氣量大小作不同的處理，當1m3污泥制取沼氣達15m3以上時，收集利用；當1m3污泥制取沼氣不足15m3時，收集燃燒處理。 沼氣凈化池利用厭氧消化原理進行固體有機物降解。沼氣凈化池的處理效率優于腐化池和沼氣池，造價低、動力消耗低，管理簡單。 作為對于邊遠山區、經濟欠發達地區醫用處理的過渡措施，逐步實現二級處理或加強處理效果的處理。

根據國家環保總局的有關規定（國家環保總局.醫院污水處理技術指南.2003.12（環發（2003）197號 ），將各類醫院按性質分為綜合醫院和傳染病醫院兩類，與衛生系統對醫院及醫療機構的劃分方法有差別。其中傳染病醫院指傳染性疾病專科醫院和帶傳染病房的綜合醫院，綜合醫院為不帶傳染病房的綜合醫院和各類非傳染性疾病的專科醫院。醫院污水凈化包括綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫院和專科醫院（傳染病醫院（包括結核病院）、心血管病醫院、腫瘤醫院、口腔醫院、婦產科醫院和精神病醫院等等）各類醫院污水的處理，同時也包括療養院、康復醫院等其它醫療機構和獸醫院的污水處理工程。

診所污水處理設備的結構組成：
　　A、調節池（鋼砼結構，房建承建）由于來水標高低，無法直接流入地埋式生活污水處理設備，在生化一體化設備前增加集水調節池一座。集水提升池內裝有兩臺潛水提升泵，將集水提升池內的廢水提升至一體化污水處理設備。調節池同時起到均化水質和水量的作用。
　　B、格柵調節池的廢水由提升泵抽至一體化污水處理設備格柵前，格柵對污水中含有各類漂浮物質加以攔截。以防止堵塞后續的水泵或處理設備；避免在后續水池內沉淀，增加檢修次數。
　　C、生物接觸氧化池（包括一氧池及二氧池）在生物接觸氧化池中，通過鼓風機和微孔曝氣器對污水中不斷供氧，利用好氧微生物來氧化有機物，使污水中的COD、BOD大大降低，后達到排放標準。
　　D、沉淀池
　　經過生化后的污水進入沉淀池，污水中的懸浮物部分沉降于池底，得到澄清的污水從沉淀池另一端的溢流堰流出。沉淀池積累的污泥通過污泥泵回流到接觸氧化池。沉淀池采用斜板沉淀池的形式，以增加沉淀效果，出水水質。
　　E、污泥池
　　沉淀池底部的污泥在重力的作用下進入污泥池，污泥池的污泥由污泥泵定期回流至生物接觸氧化池，既生化池的污泥量又可以好氧消化掉部分污泥。
　　F、清水消池
　　消池接收來自沉淀池的溢流水。消池內投加次氯酸鈉溶液，殺滅處理后水中殘存的大腸桿菌等有有害微生物，出水。
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牙科污水處理設備是一種應用于牙科口腔門診的一種醫療污水處理設備，設備采用臭氧消毒，液位控制，實現了真正的全自動化運行，無需定期加藥，無需集水池，小型醫療污水處理設備通過從空氣中電解氧氣產生臭氧進行消毒。設備安全性，一臺臭氧設備可滿足小型醫療機構類似門診牙科、口腔診所、小規模醫院所產生的污水。同時我公司還生產一體化醫療污水處理設備，可處理更大規模的醫院污水。