醫(yī)院污水處理系統(tǒng)除了包括含菌污水的處理和消毒外，對其他各種特除排水根據(jù)需要還應(yīng)單處理，如含有重金屬的廢水，放射性廢水、含油廢水和洗印廢水等。重金屬廢水來自牙科治療和化驗(yàn)室，含有汞，鉻等有害污染物，可用化學(xué)沉淀法或離子交換法處理。放射性廢水來自同位素治療和診斷。低濃度放射性廢水采用衰變池處理，或用化學(xué)共沉淀法、離子交換法處理。含油廢水來自廚房食堂，一般采用隔油池處理。洗印廢水來自照片洗印，含有銀、顯影劑、定影劑等有害物質(zhì)、含銀廢水可采用電解法回收銀，顯影劑可用化學(xué)氧化法處理。

新標(biāo)準(zhǔn)對醫(yī)院產(chǎn)生的污水、廢氣和污泥進(jìn)行了全面控制，在強(qiáng)調(diào)對含病原體污水的消毒效果的同時(shí)，兼顧生態(tài)環(huán)境安全。在生物指標(biāo)上，新標(biāo)準(zhǔn)對排入下水道與排入水體的醫(yī)院污水提出不同要求。新標(biāo)準(zhǔn)嚴(yán)格區(qū)分醫(yī)院性質(zhì)，同時(shí)根據(jù)污水去向分為兩個(gè)等級(jí)，并在原有標(biāo)準(zhǔn)基礎(chǔ)上提出嚴(yán)格的控制各級(jí)指標(biāo)。新標(biāo)準(zhǔn)考慮了消毒效果和生態(tài)安全性問題，針對不同性質(zhì)醫(yī)院及污水去向?qū)ο緯r(shí)間和余氯量均作了明確規(guī)定，嚴(yán)格了余氯標(biāo)準(zhǔn)的上限。在理化指標(biāo)方面，對排入地表水體的醫(yī)院污水和傳染病醫(yī)院污水的COD、BOD5、SS、動(dòng)植物油、石油類、陰離子表面活性劑等指標(biāo)都在原有標(biāo)準(zhǔn)基礎(chǔ)上進(jìn)行了嚴(yán)格的控制，以增強(qiáng)污水處理系統(tǒng)的抗風(fēng)險(xiǎn)性。考慮氨氮也消耗消毒劑，對氨氮也提出了嚴(yán)格的要求。

醫(yī)院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計(jì)，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進(jìn)行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學(xué)藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能(高溫堆肥)，有的地區(qū)可以用太陽能。或者用焚燒法處理(見污泥焚燒)。化學(xué)藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時(shí),有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時(shí)，污泥的pH值達(dá)到12后，保持半小時(shí)以上，效果好。