目前，醫療污水處理設備醫療廢水的處理工藝，主要由沉淀消毒處理和二級生化消毒處理工藝。醫療污水處理設備具體處理工藝可根據出水要求進行選擇。當處理廢水可排入城市污水管網時，采用處理，要求直接排放時，采用二級處理工藝。

厭氧水解和生物接觸氧化工藝的結合使用能使污水中的有機物得到較大限度的降解，二氧化氯消毒系統則讓污水的毒性大大降低至安全值以下。傳染病醫療機構和結核病醫療機構污水處理宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝）；綜合醫療機構污水排放執行排標準時，醫療污水處理設備宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝），執行預處理標準時宜采用處理或強化處理+消毒工乙。

曝氣機是通過散氣葉輪，將“微氣泡”直接注入未經處理的污水中，在混凝劑和絮凝劑的共同作用下，懸浮物發生物理絮凝和化學絮凝，從而形成大的懸浮物絮團，在氣泡群的浮升作用下“絮團”浮上液面形成浮渣，利用刮渣機從水中分離；不需要清理噴嘴，不會發生阻塞現象。本設備整體性好，安裝方便，節省運行費用與占地面。

處理主要是去除污水中呈懸浮狀態的固體物質，常用物理法。處理后的廢水BOD去除率只有20%，仍不宜排放，還須進行二級處理。二級處理的主要任務是大幅度去除污水中呈膠體和溶解狀態的有機物，BOD去除率為80%～90%。一般經過二級處理的污水就可以達到排放標準，常用活性污泥法和生物膜處理法。三級處理的目的是進一步去除某種特殊的污染物質，如除氟、除磷等，屬于深度處理，常用化學法。
工藝特點： 加強處理效果的強化處理可以提高處理效果，可將攜帶病毒、病菌的顆粒物去除，提高后續深化消毒的效果并降低消毒劑的用量。其中對現有處理工藝進行改造可充分利用現有設施，減少投資費用。調節池、混凝沉淀池、接觸池的污泥及柵渣等污水處理站內產生的垃圾集中消毒外運。消毒可采用巴氏蒸汽消毒或投加石灰等方式。
物理處理法： 通過物理作用分離、回收廢水中不溶解的懸浮狀態污染物(包括油膜和油珠)的方法，可分為重力分離法、離心分離法和篩濾截留法等。屬于重力分離法的處理單元有沉淀、上浮(氣浮)等，相應使用的處理設備是沉砂池、沉淀池、隔油池、氣浮池及其附屬裝置等。離心分離法本身就是一種處理單元，使用的處理裝置有離心分離機和水旋分離器等。篩濾截留法有柵篩截留和過濾兩種處理單元，前者使用的處理設備是格柵、篩網，而后者使用的是砂濾池和微孔濾機等。以熱交換原理為基礎的處理方法也屬于物理處理法，其處理單元有蒸發、結晶等。