厭氧水解和生物接觸氧化工藝的結合使用能使污水中的有機物得到較大限度的降解，二氧化氯消毒系統則讓污水的毒性大大降低至安全值以下。傳染病醫療機構和結核病醫療機構污水處理宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝）；綜合醫療機構污水排放執行排標準時，醫療污水處理設備宜采用二級處理+消毒工藝（或深度處理+消毒工藝），執行預處理標準時宜采用處理或強化處理+消毒工乙。

微濾機是一種轉鼓式篩網過濾裝置。被處理的廢水沿軸向進入鼓內，以徑向輻射狀經篩網流出，水中雜質（細小的懸浮物、纖維、紙漿等）即被截留于鼓筒上濾網內面。當截留在濾網上的雜質被轉鼓帶到上部時，被壓力沖洗水反沖到排渣槽內流出。運行時，轉鼓2/5的直徑部分露出水面，轉數為1-4r/min，濾網過濾速度可采用30-120m/h，沖洗水壓力0.5-1.5kg/cm2，沖洗水量為生產水量的0.5-1.0%，用于水庫水處理時，除藻效率達40-70%，除浮游生物效率達97-。微濾機占地面積小，生產能力大（250-36000m3/d），操作管理方便，已成功地應用于給水及廢水處理。

污水處理站的作用是對生產、生活污水進行處理，達到規定的排放標準，是保護環境的重要設施。工業發達國家的污水處理站已經很普遍，而我國村鎮的污水處理站很少，但今后會逐漸多起來。要使這些污水處理站真正發揮作用，還需要靠嚴格的排放制度、組織和管理體制來。

處理主要是去除污水中呈懸浮狀態的固體物質，常用物理法。處理后的廢水BOD去除率只有20%，仍不宜排放，還須進行二級處理。二級處理的主要任務是大幅度去除污水中呈膠體和溶解狀態的有機物，BOD去除率為80%～90%。一般經過二級處理的污水就可以達到排放標準，常用活性污泥法和生物膜處理法。三級處理的目的是進一步去除某種特殊的污染物質，如除氟、除磷等，屬于深度處理，常用化學法。
二級處理工藝流程(非傳染病和傳染病污水) ：傳染病醫院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調節池，病人的糞便應先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理。各構筑物須在密閉的環境中運行，通過統一的通風系統進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統。
現代污水處理技術，按處理程度劃分，可分為、二級和三級處理，一般根據水質狀況和處理后的水的去向來確定污水處理程度。 處理主要去除污水中呈懸浮狀態的固體污染物質，物理處理法大部分只能完成處理的要求。經過處理的污水，BOD一般可去除30%左右，達不到排放標準。處理屬于二級處理的預處理。 二級處理主要去除污水中呈膠體和溶解狀態的有機污染物質（BOD，COD物質），去除率可達90%以上，使有機污染物達到排放標準，懸浮物去除率達95%出水效果好。 三級處理進一步處理難降解的有機物、氮和磷等能夠導致水體富營養化的可溶性無機物等。主要方法有生物脫氮除磷法，混凝沉淀法，砂濾法，活性炭吸附法，離子交換法和電滲析法等。