醫院污水處理是指處理醫院排放的污水的處理方式。醫院的污水，除一般生活污水外，還含有化學物質、放射性廢水和病原體。因此，經過處理后才能排放，特別是肝炎等傳染病病房排出來的污水，須經消毒后才可排放。無集中式污水處理設備的醫院，對有傳染性的糞便，單消毒使其無害化。常用消毒劑有二氧化氯、漂白粉、液氯、次氯酸鈉、臭氧。對含放射性同位素的污水，應按同位素處理要求處理。醫院污水在處理過程中，沉淀的污泥含有大量的細菌、病毒和寄生蟲卵，須經消毒（常用熟石灰消毒）或高溫堆肥后方可用作肥料。

醫院各部門的功能、設施和人員組成情況不同，產生污水的主要部門和設施有：診療室、化驗室、病房、洗衣房、X光照像洗印、動物房、同位素治療診斷、手術室等排水。醫院行政管理和醫務人員排放的生活污水，食堂、單身宿舍、家屬宿舍排水。不同部門科室產生的污水成分和水量各不相同，如重金屬廢水、含油廢水、洗印廢水、放射性廢水等。而且不同性質醫院產生的污水也有很大不同。醫院污水較一般生活污水排放情況復雜。

醫院污水處理過程中排出的污泥按每張病床計，每天平均為0.7～1升，含水95%，含有污水中病原體總量的70～80%，進行消毒處理。消毒方法有加熱消毒、化學藥劑消毒、γ射線消毒等。加熱消毒的熱源通常為蒸汽、電能或生物能（高溫堆肥），有的地區可以用太陽能。或者用焚燒法處理（見污泥焚燒）。化學藥劑消毒可用漂白粉、石灰、氨水、液氯或苛性鈉等。用漂白粉或液氯時,有效氯用量約為污泥量的2.5%。用堿性藥劑時，污泥的pH值達到12后，保持半小時以上，效果好。γ射線消毒可用60鈷或一些裂變產物的混合物作輻射源，輻射劑量為20～30萬倫琴。用此法對污泥消毒不產生臭氣，并可改善污泥的脫水和沉降性，但費用較高。

醫用污水處理的原則是：分質分流，局部分隔治理，把污染就近消滅在污染源。主要處理方法為沉淀與消毒。我國常用的消毒劑為液氯，近年來，為了提高消毒效率及不產生二次污染多趨向采用臭氧化法消毒，消毒處理后均可達到排放標準。處理過程中產生的污泥常采用石灰消毒法及高溫堆肥法進行處理。
傳染病醫院的污水和糞便宜分別收集。生活污水直接進入預消毒池進行消毒處理后進入調節池，病人的糞便應先立消毒后，通過下水道進入化糞池或單處理（如虛線所示）。各構筑物須在密閉的環境中運行，通過統一的通風系統進行換氣，廢氣通過消毒后排放，消毒可采用紫外線消毒系統 好氧生化處理單元去除CODcr、BOD5等有機污染物，好氧生化處理可選擇接觸氧化、活性污泥和好氧處理工藝，如膜生物反應器、曝氣生物濾池等工藝。采用具有過濾功能的好氧處理工藝，可以降低懸浮物濃度，有利于后續消毒。 適用于傳染病醫院(包括帶傳染病房的綜合醫院)和排入自然水體的綜合醫院處理。
根據國家環保總局的有關規定（國家環保總局.醫院污水處理技術指南.2003.12（環發（2003）197號 ），將各類醫院按性質分為綜合醫院和傳染病醫院兩類，與衛生系統對醫院及醫療機構的劃分方法有差別。其中傳染病醫院指傳染性疾病專科醫院和帶傳染病房的綜合醫院，綜合醫院為不帶傳染病房的綜合醫院和各類非傳染性疾病的專科醫院。醫院污水凈化包括綜合醫院、中醫醫院、中西醫結合醫院、民族醫院和專科醫院（傳染病醫院（包括結核病院）、心血管病醫院、腫瘤醫院、口腔醫院、婦產科醫院和精神病醫院等等）各類醫院污水的處理，同時也包括療養院、康復醫院等其它醫療機構和獸醫院的污水處理工程。